Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, để phát triển ngành công nghiệp đóng, sửa chữa tàu biển, Chính phủ ban hành các nghị quyết phát hành trái phiếu quốc tế cho Vinashin vay lại hoặc bảo lãnh cho tập đoàn phát hành trái phiếu để thực hiện đầu tư. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao, bị can Phạm Thanh Bình cùng các đồng phạm đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái ở năm dự án, gây thiệt hại trên 910 tỉ đồng. Riêng bị can Phạm Thanh Bình, trong giai đoạn từ năm 1998-2009 gây thiệt hại hơn 852 tỉ đồng ở ba dự án. Trong đó dự án mua tàu cao tốc Hoa Sen thiệt hại gần 470 tỉ, dự án đầu tư xây dựng Nhà máy nhiệt điện Sông Hồng thiệt hại hơn 316 tỉ đồng, dự án đầu tư xây dựng Nhà máy nhiệt điện diesel Cái Lân thiệt hại hơn 66,5 tỉ đồng. Về các hành vi có dấu hiệu sai phạm của ban tài chính Vinashin trong việc duyệt cho Công ty Hoàng Anh và Công ty Cửu Long vay vốn sử dụng vào dự án Nhà máy nhiệt điện Sông Hồng, cơ quan an ninh điều tra đã khởi tố vụ án “tham ô tài sản”, tách vụ án để tiếp tục điều tra làm rõ. Ngoài ra, các thành viên hội đồng quản lý vốn Vinashin phê duyệt cho vay không đúng trình tự, thủ tục đối với dự án tàu Bình Định Star và một số dự án khác từ nguồn vốn trái phiếu quốc tế của Chính phủ cũng sẽ được tiếp tục điều tra làm rõ. Liên quan đến các sai phạm tại Vinashin, Cơ quan an ninh điều tra Bộ Công an căn cứ kết luận của Thanh tra Chính phủ, yêu cầu tiếp tục điều tra bảy vụ việc thể hiện rõ các dấu hiệu cấu thành tội phạm. Trong vụ án này có hai bị can Hồ Ngọc Tùng (53 tuổi, nguyên tổng giám đốc Công ty tài chính TNHH một thành viên CNTT) và Giang Kim Đạt (34 tuổi, nguyên trưởng phòng kinh doanh Công ty Vận tải viễn dương Vinashin) hiện bỏ trốn (đã ra lệnh truy nã), cơ quan điều tra ra quyết định tạm đình chỉ điều tra, khi nào bắt được sẽ xử lý sau. Các bị can bị truy tố 1. Phạm Thanh Bình (58 tuổi), nguyên chủ tịch HĐQT kiêm tổng giám đốc Vinashin. 2. Trần Văn Liêm (56 tuổi), nguyên trưởng Ban kiểm soát Vinashin. 3. Nguyễn Văn Tuyên (49 tuổi), nguyên giám đốc Công ty cổ phần CNTT Hoàng Anh. 4. Nguyễn Tuấn Dương (45 tuổi), nguyên chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần đầu tư Cửu Long. 5. Tô Nghiêm (52 tuổi), nguyên chủ tịch Công ty TNHH một thành viên CNTT Cái Lân, tổng giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư phát triển khu kinh tế Hải Hà. 6. Trịnh Thị Hậu (47 tuổi), nguyên tổng giám đốc Công ty Tài chính TNHH một thành viên CNTT. 7. Hoàng Gia Hiệp (39 tuổi), nguyên phó tổng giám đốc Công ty tài chính TNHH một thành viên CNTT, giám đốc Công ty cho thuê tài chính CNTT. 8. Trần Quang Vũ (53 tuổi), nguyên tổng giám đốc Tập đoàn CNTT Việt Nam. 9. Đỗ Đình Côn (49 tuổi), nguyên phó tổng giám đốc Công ty cổ phần CNTT Hoàng Anh.