Các quốc gia trên thế giới đều phải đối mặt với vấn đề chất lượng dịch vụ y tế, hiệu quả hoạt động và chi phí ngày càng lớn tại các bệnh viện công. Vì vậy, từ những năm đầu của thập kỷ 80 cuộc cải cách bệnh viện công đã lan rộng trên khắp mọi nơi trên thế giới, tất nhiên Việt Nam không thể đứng ngoài cuộc.Ngân hàng Thế giới phân loại theo mức độ cải cách quản lý thành các tiểu nhóm như sau: Bệnh viện hưởng thụ ngân sách theo dự toán (budgetary hospitals); Bệnh viện tự chủ (Autonomized hospitals); Bệnh viện tự trị (Corporatized hospitals); Bệnh viện tư nhân (Privatization).
Bệnh viện tự chủ (autonomized hospital) có đặc điểm khác biệt giám đốc không còn chức năng thuần tuý là viên chức hành chính. Việc quản lý hoạt động bệnh viện vì thế không còn cứng nhắc mệnh lệnh hành chính, mà đã được thực hiện một phần chức năng của nhà quản lý thực sự. Về quản lý tài chính, bệnh viện được tự chủ một phần: cơ chế chi tiêu theo khoản mục ngân sách cứng nhắc được thay thế bằng cơ chế chi tiêu theo ngân sách tổng (global budget), bệnh viện có quyền quyết định điều chỉnh ngân sách giữa các khoản mục chi trong tổng ngân sách đã được cấp.Đáng chú ý là bệnh viện tự chủ có quyền tạo thêm các nguồn thu ngoài ngân sách và sử dụng các nguồn tài chính ngoài ngân sách này; bệnh viện được quyền giữ lại số dư cuối năm tài chính để chuyển cho năm tài chính tiếp theo mà không phải nộp vào ngân sách nhà nước.Tại Việt Nam, vấn đề tự chủ tài chính được quy định khá cụ thể và các đơn vị tự chủ được chia làm 3 loại hình như sau: Đơn vị tự đảm bảo chi phí hoạt động (tự đảm bảo hoàn toàn chi phí hoạt động); Đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên (phần còn lại do nhà nước cấp); Đơn vị sự nghiệp do ngân sách nhà nước đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động (nguồn thu đáp ứng dưới 10% tổng số chi).Thực hiện nhiệm vụ của Chính phủ giao, trong thời gian vừa qua (từ năm 2016 đến nay), Bộ Y tế đã phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ và các cơ quan liên quan xây dựng dự thảo Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập thuộc lĩnh vực y tế - dân số thay thế Nghị định số 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 của Chính phủ. Bộ Y tế đã xin ý kiến các Thành viên Chính phủ và trình Chính phủ dự thảo Nghị định thay thế Nghị định số 85/2012/NĐ-CP vào ngày 21/5/2019.Tuy nhiên, để đảm bảo thống nhất cơ chế tự chủ tài chính giữa các lĩnh vực, Chính phủ đã có Nghị quyết không ban hành Nghị định tự chủ riêng cho từng lĩnh vực nên Nghị định sửa đổi thay thế Nghị định số 85/2012/NĐ-CP sẽ không được ban hành. Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, trong khi chưa ban hành Nghị định mới thay thế Nghị định số 16/2015/NĐ-CP, việc phân loại tự chủ tài chính của các đơn vị sự nghiệp nói chung và sự nghiệp y tế hiện nay thực hiện theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP và Thông tư số 71/2006/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ, các đơn vị sẽ xác định tổng thu sự nghiệp và tổng chi thường xuyên để tính toán mức độ tự chủ của từng đơn vị.Trên thế giới, một nền y tế tốt cần đảm bảo 3 tiêu chí: Công bằng - Hiệu quả - Chất lượng. Viện phí bệnh viện công lập cần xây dựng căn cứ mức sống thu nhập người dân chứ không phải ngành y tế tự tính, tự đội viện phí lên cao khiến cho người bệnh không chịu nổi đành chờ chết. Nếu chính sách viện phí không đảm bảo tính công bằng, người nghèo không có cơ hội tiếp cận với bệnh viện thì không thể là nền y tế.Các bệnh viện công lập không được phép thu học phí lên mức tối đa, phải có giới hạn trần để đảm bảo công bằng xã hội nên chi phí khám chữa bệnh của bệnh viện công luôn bị nhà nước kiểm soát, phụ thuộc vào mặt bằng thu nhập trung bình của người dân.Do đó, nguồn thu từ viện phí tại các bệnh viện công lập chỉ chiếm một phần trong chi phí khám chữa bệnh vì phải căn cứ vào mức thu nhập trung bình của người dân do đó bệnh viện công lập đừng đặt vấn đề lấy thu bù chi. Nói cách khác, các bệnh viện được tự chủ tài chính để tăng cường điều kiện nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, chứ không phải tự túc kinh phí.
