Tuy nhiên, tỷ trọng vốn đầu tư vào ngành lại có xu hướng giảm dần, từ 7,4% năm 2006 xuống còn 6,2% năm 2010.
Vốn FDI đầu tư cho nông nghiệp, nông thôn cũng rất thấp và theo xu hướng giảm dần, từ 8% trong tổng cơ cấu FDI cả nước năm 2001 xuống còn 1% năm 2010. Tính chung cả thời kỳ 1990 - 2010, ngành nông nghiệp, nông thôn mới thu hút được 738 dự án với tổng vốn đăng ký 4,3 tỷ USD, chiếm 2,3% tổng vốn đầu tư đăng ký của cả nước. Theo TS Nguyễn Đỗ Anh Tuấn, Giám đốc Trung tâm tư vấn chính sách nông nghiệp (Viện Chính sách chiến lược phát triển nông thôn), việc khó thu hút doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp do lĩnh vực này thường gặp rủi ro lớn về thời tiết, thị trường đầu ra và đầu vào. Qua thăm dò ý kiến, có tới 76% doanh nghiệp nông nghiệp, nông thôn cho rằng thủ tục phức tạp là trở ngại cho khả năng phát triển của họ trong 5 năm tới.
Bộ trưởng Bộ NN&PTNT Cao Đức Phát cho biết, để khắc phục tình trạng trên, ngoài việc tiếp tục tăng đầu tư ngân sách cho nông nghiệp, Chính phủ đã ban hành NĐ số 41/2010/NĐ-CP ngày 12/4/2010 về tín dụng phục vụ nông nghiệp nông thôn; NĐ số 61/2010/NĐ-CP ngày 4/6/2010 về chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư cho nông nghiệp, nông thôn... Tuy nhiên, việc triển khai vẫn còn những hạn chế nhất định. Đơn cử, NĐ 61 có hiệu lực từ 25/7/2010 nhưng cho tới nay hầu hết các địa phương chưa triển khai thực hiện. Do đó, thời gian tới, cần thực hiện triệt để việc đơn giản hóa thủ tục hành chính, tạo điều kiện thuận lợi để thu hút doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn. Ngoài ra, thực hiện tái cơ cấu đầu tư ngành theo hướng xã hội hóa đầu tư cho nông nghiệp, tăng tỷ trọng đầu tư từ ngân sách cho những lĩnh vực sản xuất có hiệu quả cao...
