Cụ thể, tại Quyết định số 314/QĐ-TT-VP, Cục Trồng trọt quyết định thi hành kỷ luật đối với bà Nguyễn Thị Phương Thao - Quyền trưởng phòng Quản lý chất lượng và môi trường về những khuyết điểm trong công tác tham mưu quản lý Nhà nước đối với các tổ chức chứng nhận phân bón. Tại Quyết định số 315/QĐ-TT-VP, Cục Trồng trọt quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cách chức, chuyển công tác đối với ông Trần Quốc Tuấn - Phó Giám đốc Trung tâm Khảo kiểm nghiệm phân bón Quốc gia kiêm Giám đốc Trung tâm Khảo kiểm nghiệm phân bón vùng Nam Bộ do đã để xảy ra vi phạm trong việc thực hiện nhiệm vụ được giao. Ngoài ra, Cục Trồng trọt cũng kỷ luật ông Trương Hợp Tác - nguyên Trưởng phòng Quản lý Đất và phân bón với hình thức phê bình, rút kinh nghiệm và chuyển công tác khác, không liên quan đến lĩnh vực phân bón. Trước đó, tháng 4/2016, ngay sau khi Thanh tra Bộ NN&PTNT phát hiện sai phạm tại 11 tổ chức chứng nhận và kiểm nghiệm phân bón, Cục Trồng trọt đã ban hành 8 quyết định đình chỉ hiệu lực các quyết định chỉ định tổ chức chứng nhận, phòng thử nghiệm phân bón của 8/11 đơn vị đã thanh tra. Đồng thời đã ban hành 9 quyết định về việc chấm dứt hiệu lực Quyết định chỉ định các tổ chức chứng nhận và phòng thử nghiệm phân bón của 8/11 tổ chức, 3 tổ chức còn lại Quyết định đã hết hiệu lực. Như báo Kinh tế & Đô thị đã đưa tin, qua thanh kiểm tra, Thanh tra Bộ NN&PTNT đã phát hiện sai phạm tại 11 đơn vị chứng nhận và kiểm nghiệm phân bón do Cục Trồng trọt có quyết định chỉ định. Các lỗi mắc phải của 11 đơn vị này gồm: Không có kinh nghiệm trong lĩnh vực phân bón, không có đăng ký lĩnh vực chứng nhận, hồ sơ chỉ định không có hợp đồng thuê các phòng thử nghiệm, không có phòng thử nghiệm phân bón, không có đăng ký lĩnh vực hoạt động chứng nhận chất lượng…