Theo phản ánh, xưởng chế biến gỗ xây dựng ngay trên lối vào chùa, vẫn thuộc khu vực bảo vệ cấp 1 của di tích, rộng chừng 100m2; không chỉ ảnh hưởng đến cảnh quan di tích mà còn tạo tiếng ồn nơi trang nghiêm thờ cúng.
Ngày 22/9, Ban quản lý di tích danh thắng Hà Nội (Sở VH&TT) phối hợp với Phòng Văn hóa Thông tin huyện tiến hành kiểm tra vi phạm tại di tích. Sư trụ trì cho rằng: "Xưởng được tận dụng sau lần tu bổ chùa Trăm Gian năm 2014, giờ để sửa sang cho nhà thờ Tổ của chùa Quảng Bị và đóng bàn, ghế, tủ, cửa cho chùa Trăm Gian". Tuy nhiên, Đoàn kiểm tra cho rằng, việc duy trì xưởng gỗ trong khuôn viên di tích là sai quy định. Vì vậy, Sở VH&TT đã ra Văn bản số 29/SVHTT-QLDT đề nghị UBND chỉ đạo các phòng chức năng cùng sư trụ trì tháo dỡ, tổ chức di chuyển toàn bộ nhà xưởng và các cấu kiện gõ sơ chế ra ngoài di tích trong tháng 9; bóc bỏ các kiến trúc cấy ghép, mái che, mái vẩy để đảm bảo phát huy giá trị di tích. Ngoài ra, việc tự ý tu sửa vườn tháp, mái nhà ni tại chùa cũng được Sở VH&TT yêu cầu báo cáo trước 15/10.