Theo đó, Bộ Tài chính cho biết, căn cứ vào báo cáo rà soát của Tổng cục Thuế tính từ ngày 1/7/2014 đến ngày 30/11/2016 có 60 trường hợp doanh nghiệp Nhà nước, doanh nghiệp Nhà nước cổ phần được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng đất.
Khi cổ phần hóa DN Nhà nước, nhất là những DN Nhà nước đang được Nhà nước cho thuê đất ở những vị trí có giá trị thương mại ở trung tâm TP, tuy nhiên việc xác định giá trị DN không tính giá trị quyền sử dụng đất vào DN để cổ phần hóa nhưng không thực hiện đấu giá khi cổ phần hóa.
Việc thực hiện sắp xếp lại cơ sở nhà, đất được UBND tỉnh, TP cho chuyển mục đích để xây dựng trung tâm thương mại, văn phòng cho thuê và nhà ở để bán nhưng không thực hiện đấu giá theo quy định tại Luật Đất đai.
Bộ Tài chính cũng chỉ ra rằng, việc xác định giá đất để thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chủ yếu dựa vào kết quả của DN tư vấn nhưng không đầy đủ và chưa sát với giá thị trường.
Bên cạnh đó, việc xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất tại một số địa phương chưa thực hiện đầy đủ trình tự, thủ tục theo quy định. UBND tỉnh, TP phê duyệt giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất nhưng chưa xin ý kiến Thường trực HĐND tỉnh, thành phố và không báo cáo HĐND tỉnh, TP tại kỳ họp gần nhất.
Để chấn chỉnh, xử lý các tồn tại trong quản lý và sử dụng đất đai, Bộ Tài chính đề xuất Thủ tướng Chính phủ thực hiện kế hoạch thanh tra năm 2017. Theo đó, Thanh tra Chính phủ đã có kế hoạch thanh tra đối với dự án có dấu hiệu không thực hiện đúng mục đích đầu tư, có dấu hiệu vi phạm pháp luật Đất đai và xác định tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chưa sát với giá thị trường làm thất thu ngân sách nhà nước.
Do vậy, Bộ Tài chính trình Thủ tướng giao Thanh tra Chính phủ tham khảo danh sách các cơ sở nhà, đất chuyển mục đích sử dụng đất để thực hiện các dự án đầu tư. Danh sách tổng hợp này bao gồm nhiều dự án lớn trên cả nước như: Riva Park tại 504 Nguyễn Tất Thành (quận 4, TP.HCM), khu nhà ở thấp tầng tại Xa La, 25 Vũ Ngọc Phan và 1141 Giải Phóng (Hà Nội), dự án Pandora 53 Triều Khúc (Hà Nội), dự án PVV-Vinapharm 60B Nguyễn Huy Tưởng...
Đồng thời, kiến nghị Thủ tướng yêu cầu Chủ tịch UBND các tỉnh, TP tạm thời đình chỉ thi công các dự án xây dựng nhà cao tầng đang triển khai thực hiện tại trung tâm TP lớn mà chưa thực hiện đúng thẩm quyền giao sử dụng đất không qua đấu giá và phải tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo đúng thẩm quyền.
Trường hợp được Thủ tướng Chính phủ chấp thuận cho phép bán chỉ định, UBND tỉnh, TP phải thực hiện đấu giá đất sát giá thị trường. Việc xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất UBND tỉnh, TP chưa xin ý kiến Thường trực Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố và chưa báo cáo HĐND tỉnh, TP trong kỳ họp gần nhất, phải thực hiện báo cáo trước khi thực hiện.