Ở khu vực Đông Nam Á tiếp tục có 3 bảng đấu và các đội bóng sẽ thi đấu với nhau tới trận chung kết khu vực ASEAN nhằm tìm ra một đại diện của mình thi đấu trận liên khu vực, rồi sau đó là chung kết tổng AFC Cup 2018 với một đại diện đến từ Tây Á.
Theo đó, FLC Thanh Hóa rơi vào bảng G với các đội Bali United (Indonesa), Yangon United (Myanmar) và một đội tuyển Philippines (giải này chưa thi đấu xong). Johor Darul Takzim là đội bóng đã 4 năm liên tiếp vô địch Malaysia, từng lên ngôi ở AFC Cup 2015. Persija Jakarta là một trong những đội bóng có hàng thủ tốt nhất giải VĐQG Indonesia 2017.Trong khi Tampines hay Geylang United cũng đều là “khách quen” của AFC Cup những năm gần đây
Trong khi đó, Sông Lam Nghệ An rơi vào bảng H với Johor Darul Ta’zim (Malaysia), Tampines Rovers (Singapore) và Persija Jakarta (Indonesia).
Tuy nhiên, nếu như FLC Thanh Hoá vượt qua vòng loại AFC Champions League (đấu loại với đội của Hồng Kông (Trung Quốc) rồi sau đó là một đội bóng của Hàn Quốc) thì họ không phải thi đấu tại AFC Cup nữa. Trong trường hợp đó, đội thay FLC Thanh Hoá thi đấu tại đấu trường AFC Cup sẽ là CLB Hà Nội.
Các đội tại Đông Nam Á sẽ chia làm 3 bảng. 3 đội nhất mỗi bảng và đội nhì có thành tích xuất sắc nhất sẽ lọt vào bán kết khu vực. Đội vô địch khu vực ASEAN sẽ thi đấu Liên khu vực cùng với 3 đội nhất bảng D (Trung Á), E (Nam Á) và I (Đông Á) để tìm ra đại diện thi đấu chung kết tổng với đội vô địch khu vực Tây Á.
Vòng bảng AFC Cup năm nay sẽ gồm 6 lượt trận diễn ra từ ngày 13-14/2/2018 đến ngày 24-25/4/2018.
