Văn bản góp ý của đại diện Bộ TT&TT cho hay, không nên bổ sung chức năng điều tra thuế vì theo quy định hiện hành, chức năng này không thuộc thẩm quyền của cơ quan quản lý thuế. Theo quan điểm Bộ TT&TT, vậy việc điều tra thuế nên để một cơ quan độc lập với cơ quan quản lý thuế thực hiện để đảm bảo tính minh bạch và đúng với chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan quản lý.
Tương tự, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đề nghị cân nhắc việc bổ sung chức năng điều tra. “Nếu bổ sung thêm chức năng điều tra thuế, thì cùng một cơ quan, cùng một bộ máy vừa thực hiện thu thuế, vừa thực hiện thanh tra, rồi lại thực hiện hoạt động điều tra thuế” - đại diện VCCI góp ý. Việc trên theo đánh giá sẽ có thể làm giảm tính khách quan của hoạt động điều tra tố tụng, giảm tính minh bạch của hoạt động quản lý thuế. Ở hướng khác, Bộ Tư pháp thì đề nghị làm rõ mối quan hệ bộ phận điều tra thuế với cơ quan điều tra của các Bộ liên quan và cơ quan tư pháp. Văn bản đóng góp của Bộ Tư pháp nêu rõ, việc giao thẩm quyền cho cơ quan thuế, công chức thuế khởi tố vụ án, khởi tố bị can, thực hiện các hoạt động điều tra theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự và pháp luật về tổ chức điều tra hình sự cần có đánh giá tác động về tính chuyên nghiệp, chuyên sâu của công chức thuế trong hoạt động tố tụng và làm rõ phạm vi hoạt động điều tra thuế” - đóng góp của Bộ Tư pháp có nêu. Bộ KH&ĐT thì đề nghị làm rõ tính phù hợp với Luật Tố tụng hình sự và Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự.Tiếp thu ý kiến của các bộ, ngành, Bộ Tài chính cho hay, việc điều tra quy định bổ sung trong Luật Quản lý thuế bản chất là công tác điều tra ban đầu, không chồng chéo với công tác điều tra chuyên sâu của các cơ quan chức năng khác. “Về bản chất, điều tra thuế là việc cơ quan thuế thực hiện quyền tố tụng về thuế trong trường hợp người nộp thuế cố tình trốn tránh nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước với mục đích trục lợi.
Phạm vi điều tra là các hồ sơ nghi vấn trốn thuế có tính chất liên hoàn, thông đồng (bao gồm cả tham nhũng). Thẩm quyền điều tra là được khám xét không báo trước cho người nộp thuế và được hỏi xét, lấy lời khai của người nộp thuế và đối tượng liên quan. Người nộp thuế được sử dụng luật sư hoặc người đại diện trong quá trình điều tra”- giải trình của Bộ Tài chính cho hay.
