Là tổ chức tài chính nhà nước trực thuộc UBND thành phố, Quỹ Phát triển đất có chức năng nhận nguồn vốn từ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, tiền thu từ đấu giá quyền sử dụng đất và huy động các nguồn khác để ứng vốn và chi hỗ trợ trong lĩnh vực bồi thường, hỗ trợ tái định cư; tạo quỹ đất và phát triển quỹ đất cho thành phố. Quỹ hoạt động theo nguyên tắc bảo toàn vốn, bù đắp chi phí sinh hoạt trong quá trình hoạt động và không vì mục đích lợi nhuận. Sau khi tiếp nhận nguồn vốn, Quỹ có nhiệm vụ ứng vốn cho Tổ chức phát triển quỹ đất để thực hiện việc bồi thường, hỗ trợ tái định cư khi thành phố thu hồi đất; tạo và phát triển quỹ đất để đấu giá quyền sử dụng đất. Ngoài ra, Quỹ cũng sẽ tham gia nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất trong khu vực đã có quy hoạch phải thu hồi mà người sử dụng đất có nhu cầu chuyển nhượng trước khi nhà nước thu hồi đất... Quỹ cũng có chức năng ứng vốn cho các tổ chức liên quan đến công tác giải phóng mặt bằng, hỗ trợ bồi thường, đào tạo nghề, chuyển đổi nghề cho các đối tượng bị thu hồi đất. Theo ông Vũ Hồng Khanh, Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ Phát triển đất thành phố, hiện mỗi năm Hà Nội cần khoảng 8.000 – 9.000 tỷ đồng cho việc phát triển quỹ đất, phục vụ xây dựng các công trình kinh tế - xã hội. Với việc ra đời Quỹ Phát triển đất, thành phố đặt mục tiêu giải quyết tốt những tồn tại trong việc bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi nhà nước thu hồi đất.