Lượng hàng hóa lưu chuyển thông qua chợ truyền thống chiếm khoảng 60% lượng hàng hóa trên địa bàn TP. Mặc dù số lượng hàng hóa lưu thông là rất lớn nhưng hệ thống chợ của Hà Nội đa phần xuống cấp, nhiều chợ lụp xụp, quá tải, nên khó đảm bảo được các yêu cầu về VSATTP, an ninh trật tự, phòng chống cháy nổ. Việc Công an TP Hà Nội khởi tố vụ án hình sự cưỡng đoạt tài sản để điều tra về việc thu tiền “bảo kê” tại chợ Long Biên, hay vụ cháy chợ Thịnh Liệt (huyện Thanh Trì) cuối tháng 3/2018... cho thấy các bất cập này lộ rõ. Kết quả kiểm tra phòng cháy chữa cháy (PCCC) từ đầu năm đến nay của Công an TP cho thấy, lực lượng này đã lập biên bản 285 lượt chợ, phát hiện 965 tồn tại thiếu sót, xử lý vi phạm hành chính 53 trường hợp với tổng số tiền là 102,7 triệu đồng, tạm đình chỉ 6 lượt chợ; các lực lượng chức năng cũng đã giải tỏa 160/213 chợ cóc, chợ tạm.Đánh giá cơ sở hạ tầng hệ thống chợ truyền thống Hà Nội, Phó Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước (Bộ Công Thương) Lê Việt Nga cho rằng, đa phần các chợ thiếu dịch vụ cơ bản như nước sạch, PCCC, thu gom rác thải... nên nguy cơ ô nhiễm môi trường, mất VSATTP là rất lớn. Chưa kể hoạt động kinh doanh chồng chéo giữa bán buôn với bán lẻ chứ không phân cấp khiến các chợ rất lộn xộn. Thực tế tại các chợ, lượng hàng hóa được bày bán tương đối lớn, nhưng phần lớn đều không có giấy tờ chứng minh nguồn gốc, tiểu thương chỉ ghi chép sổ sách lượng hàng hóa nhập về bán. Phó Giám đốc Sở Công Thương Hà Nội Trần Thị Phương Lan cho biết, mặc dù thời gian qua các sở, ngành đã tích cực hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện các nội dung quản lý Nhà nước tại hệ thống chợ, tuy nhiên công tác chuyển đổi mô hình quản lý, kinh doanh, khai thác, phân hạng chợ... còn chậm; một số địa phương chưa chuyển biến về công tác xây dựng, phê duyệt giá dịch vụ chợ, công tác xác nhận kiến thức, ký cam kết đảm bảo VSATTP… Nguyên nhân là do UBND một số quận, huyện, thị xã chưa quan tâm chỉ đạo quyết liệt. Bên cạnh đó, công tác cải tạo nâng cấp, đầu tư xây dựng mới, các chợ trong năm 2018 gặp nhiều khó khăn trong việc kêu gọi nguồn vốn xã hội hóa, trong khi cơ chế sử dụng ngân sách để đầu tư xây dựng, cải tạo nâng cấp chợ còn vướng mắc.Để giải quyết những bất cập này, UBND TP Hà Nội đã yêu cầu UBND các quận, huyện, thị xã tăng cường quản lý chợ đã được UBND TP giao như phân hạng, phê duyệt nội quy hoạt động chợ, sắp xếp lại ngành hàng phù hợp thực tế; đồng thời phối hợp với Sở Công Thương, Y tế, NN&PTNT tổ chức tập huấn, xác nhận kiến thức VSATTP và hướng dẫn các hộ kinh doanh trong chợ ký cam kết theo quy định. Nhằm nâng cấp, cải tạo hệ thống chợ qua đó cụ thể hóa Quy hoạch mạng lưới bán buôn, bán lẻ của TP Hà Nội đến năm 2020, định hướng đến năm 2030, UBND TP Hà Nội cũng đã ban hành Quyết định số 28/2018/QĐ-UBND, quy định về phát triển và quản lý chợ trên địa bàn. Trong quyết định nêu rõ: Căn cứ Quy hoạch phát triển mạng lưới chợ, căn cứ vào nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn từng địa phương, UBND các quận, huyện, thị xã… lập kế hoạch đầu tư xây dựng mới, cải tạo, nâng cấp các chợ cho từng giai đoạn 5 năm và hàng năm đối với tất cả các hạng chợ để trình cấp có thẩm quyền TP Hà Nội quyết định hoặc quyết định theo chức năng, thẩm quyền được phân cấp.