Trong những ngày tới, do lũ thượng nguồn về kết hợp với kỳ triều cường, mực nước sông Cửu Long tiếp tục lên. Đến khoảng ngày 12 - 14/9, mực nước đầu nguồn sông Cửu Long có khả năng lên mức báo động 3 (Tân Châu 4,5m, Châu Đốc 4,0m), tại các trạm hạ lưu sông Cửu Long lên mức báo động (BĐ) 2 - BĐ3, có nơi trên BĐ3; đến ngày 27/9 - 5/10/2018, mực nước sẽ lên trên BĐ3 0,1 - 0,3m (Tân Châu 4,6 - 4,8m, Châu Đốc 4,1 - 4,3m). Nguy cơ cao xảy ra ngập lụt ở các vùng trũng thấp và mất an toàn đê bao tại các tỉnh thuộc vùng Đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt là các tỉnh Kiên Giang, An Giang, Đồng Tháp, Long An.
Lũ trên Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) được nhận định sẽ ảnh hưởng lớn đến sản xuất và dân sinh. Cụ thể, diện tích lúa Hè Thu toàn vùng ĐBSCL hiện đã thu hoạch đạt 958.306/1.601.500ha (đạt gần 60%). Diện tích chưa thu hoạch 311.666ha (thuộc các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Long An và Kiên Giang); hiện huyện Giang Thành (Kiên Giang) có 1.200ha lúa đang củng cố đê bao, trong thời gian tới nếu lũ diễn ra như dự báo lên đến BĐ3, diện tích này sẽ bị thiệt hại.
Diện tích lúa Thu Đông đã xuống giống được 448.532/745.000ha (đạt gần 60,2%). Hầu hết diện tích xuống giống theo kế hoạch nằm trong vùng đê bao triệt để, bảo đảm không ảnh hưởng nếu lũ chính vụ ở mức như dự báo, trừ khoảng 34.600ha (Long An: 18.200ha, An Giang: 13.000ha, Đồng Tháp: 3.400ha) có khả năng bị ảnh hưởng khi lũ vượt BĐ2; riêng tỉnh An Giang hiện có 1.350ha vùng ngoài đê bao phía Bắc kênh Vĩnh Tế (huyện Tri Tôn) bị ảnh hưởng do lũ, đã thiệt hại 630ha lúa Thu Đông; nếu lũ diễn ra như dự báo, các diện tích còn lại sẽ bị thiệt hại.