Theo kết luận thanh tra, Học viện KHXH chưa làm rõ đặc thù của đơn vị trong việc sử dụng đội ngũ cán bộ nghiên cứu của đơn vị thuộc Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam để xác định chỉ tiêu (CT) tuyển sinh hàng năm. Học viện KHXH đã tự xác định CT vượt năng lực đối với trình độ TS khối ngành I và VII. Về việc này, Giám đốc Phạm Văn Đức giải thích, Học viện KHXH được thành lập theo Quyết định số 35/QĐ-TTg ngày 10/1/2010 của Thủ tướng Chính phủ. Học viện được giao quản lý thống nhất các hoạt động đào tạo sau đại học (ĐH) của 17 cơ sở đào tạo trước đây thuộc Viện KHXH Việt Nam, nay là Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam. Do đó, đội ngũ giảng viên cơ hữu của Học viện KHXH bao gồm toàn bộ giảng viên thuộc Viện nghiên cứu chuyên ngành của Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam. Hàng năm, trên cơ sở đội ngũ giảng viên cơ hữu này, Học viện KHXH đã đăng ký CT tuyển sinh với Bộ GD&ĐT theo các quy định hiện hành và được chấp thuận.Về việc phân công người hướng dẫn luận văn ThS vượt quá số lượng quy định của Quy chế đào tạo trình độ ThS, ông Đức thừa nhận: Trong giai đoạn trước tháng 8/2016, Học viện đã phân công người hướng dẫn học viên cao học, nghiên cứu sinh (NCS) không cùng ngành/chuyên ngành. Học viện cũng phân công người hướng dẫn cùng lúc quá nhiều học viên ThS, NCS và tuyển sinh TS không đúng với chuyên ngành học tại Học viện KHXH. Tuy nhiên, kể từ ngày 1/9/2016, Giám đốc Học viện KHXH mới đã phát hiện ra và khắc phục, chấn chỉnh hoàn toàn.Ông Đức cho rằng, trước năm 2015, chương trình đào tạo TS của Học viện KHXH đã được Bộ GD&ĐT thẩm định và đáp ứng đầy đủ các yêu cầu. Sau khi Thông tư 07/2015/BGDĐT ngày 16/4/2015 của Bộ GD&ĐT được ban hành, Học viện KHXH chưa kịp thời bổ sung, cập nhật chương trình đào tạo. Nhưng, kể từ tháng 9/2016, các chương trình đào tạo các ngành TS của Học viện đã được cập nhật đảm bảo khối lượng kiến thức tối thiểu, kỹ năng, chuẩn đầu ra theo Thông tư 07. Các NCS được xét tuyển tháng 8/2015 đang được bổ sung các học phần theo quy định. "Việc thiết kế một số học phần chung cho các ngành đào tạo khác nhau là đúng. Vì đối tượng nghiên cứu của KHXH và nhân văn mang tính chất liên ngành. Do đó, một số học phần cần được trang bị kiến thức chung cho các NCS ở các ngành khác nhau. Bên cạnh đó, các học phần cơ sở và các học phần chuyên ngành được thiết kế theo các chuyên ngành cụ thể” – Giám đốc Học viện KHXH giải thích thêm.Với kết luận thanh tra của Bộ GD&ĐT, dư luận xã hội lo ngại về chất lượng luận văn ThS và luận án TS của Học viện KHXH khi Hội đồng đánh giá luận văn không đúng chuyên ngành. Không chỉ thế, luận văn thiếu xác nhận của người hướng dẫn, không có ý kiến nhận xét của người phản biện. Tuy nhiên, ông Đức cho rằng đó là sơ suất trong công tác lưu trữ của Phòng Quản lý đào tạo không thực hiện đầy đủ theo đúng quy định. Bởi, kể từ khi thành lập đến nay, trong các kỳ tuyển sinh, Giám đốc Học viện KHXH đều ban hành các Quyết định thành lập các Hội đồng, ban, tiểu ban chuyên môn kèm theo danh sách sách thành viên. “Trong quá trình bảo vệ luận án TS, luận văn ThS, các thầy cô thành viên Hội đồng đều phải nộp và trình bày bản nhận xét của mình trước Hội đồng bảo vệ luận văn ThS, luận án TS. Song trên thực tế, một số thầy cô không ký hoặc không ghi thời gian vào các bản nhận xét. Tuy nhiên, việc đó không ảnh hưởng đến chất lượng của luận văn ThS, luận án TS. Từ trước đến nay, các luận án TS được Bộ GD&ĐT thẩm định về nội dung đều đáp ứng yêu cầu”- Giám đốc Học viện KHXH khẳng định.