Nguyên nhân do trong quá trình tổ chức lựa chọn nhà thầu, có 2 nhà thầu liên danh vượt qua bước đánh giá kỹ thuật, sang bước đánh giá về tài chính. Tuy nhiên, cả 2 nhà thầu đều có giá chào thầu cao hơn rất nhiều so với giá gói thầu. Do đã quá thời gian hiệu lực bảo đảm dự thầu, nhưng các nhà thầu đều không gia hạn, nên chủ đầu tư đành quyết định hủy thầu để tổ chức đấu thầu lại. Dự án Hệ thống xử lý nước thải Yên Xá (xã Thịnh Liệt, huyện Thanh Trì) gồm 4 gói thầu xây lắp chính được tổ chức đấu thầu cạnh tranh quốc tế gồm: Gói thầu số 1 xây dựng nhà máy Xử lý nước thải Yên Xá, công suất 270.000 m3/ngày đêm; Gói thầu số 2 xây dựng hệ thống cống bao cho sông Tô Lịch và cống chính; Gói thầu số 3 xây dựng hệ thống cống bao cho sông Lừ; Gói thầu số 4 xây dựng hệ thống cống cho một phần khu vực Hà Đông và các khu đô thị mới.