Nguyên nhân là do việc bố trí quỹ đất cho việc di dời "không đơn giản"; một số bộ, ngành liên quan chưa có quy hoạch cụ thể về các đơn vị di dời.
Bộ Xây dựng cũng đã trình cấp thẩm quyền phương án di dời 17 cơ quan T.Ư ra Mễ Trì và Tây Hồ Tây, diện tích đất đã có, song nguồn lực thực hiện khó khăn. Bộ đang nghiên cứu cơ chế mới để giải quyết vấn đề này.
Cơ chế mới được Bộ trưởng Bộ Xây dựng nhắc tới có thể là Dự thảo phương án triển khai quy hoạch trụ sở 13 bộ, ngành sau khi di dời đang được Bộ hoàn thiện. Theo tính toán sơ bộ, dự tính tổng nhu cầu vốn đầu tư xây mới 13 trụ sở sau di dời vào khoảng 17.000 tỷ đồng. Trong đó, khu Tây Hồ Tây khoảng hơn 8.500 tỷ đồng, khu Mễ Trì khoảng hơn 9.400 tỷ đồng.
Câu chuyện bộ, ngành có trụ sở mới nhưng không hoặc chưa bàn giao quỹ đất cho Hà Nội quản lý luôn được dư luận đặc biệt quan tâm. Bởi thực tế quỹ đất của các nhà máy, bộ, ngành sau di dời đều được giữ lại và để xây nhà ở, trung tâm thương mại, cho thuê làm văn phòng, chứ không phải xây dựng trường học, công viên hay phục vụ cộng đồng. Đây cũng là nguyên nhân gây quá tải dân số, hạ tầng giao thông của thủ đô. Trước vấn đề này, đã có rất nhiều ý kiến cử tri Hà Nội và dư luận đặt câu hỏi "tại sao". Ngay trong buổi tiếp xúc cử tri quận Hoàn Kiếm ngày 24/7 vừa qua, Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Đức Chung cũng đã nêu rõ quan điểm, quyết tâm của TP trong việc triển khai thực hiện di dời nhà máy, bệnh viện, trường học… ra khỏi nội đô, và cho biết việc di dời các cơ quan ra ngoài 4 quận nội thành đã được thực hiện từ nhiều năm qua, tuy nhiên dù đã có hàng loạt bộ, ngành di dời nhưng từ đó đến nay TP chưa thu được một khu đất nào để xây dựng công viên hay bãi đỗ xe... “Vấn đề trên hiện còn nhiều ý kiến trái ngược nhau. Bây giờ, các bộ muốn chuyển phải có tiền đầu tư và cũng phải xác định được đầu tư khu đất cũ làm cái gì” - Chủ tịch UBND TP Nguyễn Đức Chung nói và cho biết, trong thời gian tới, Thủ tướng Chính phủ sẽ đánh giá lại việc di chuyển các cơ sở.
Theo tổng hợp báo cáo trả lời cử tri trước kỳ họp HĐND (diễn ra hồi đầu tháng 7/2017) của UBND TP Hà Nội, từ đầu năm 2015, Thủ tướng đã có Quyết định số 130/QĐ-TTg về biện pháp, lộ trình di dời và việc sử dụng quỹ đất sau khi di dời cơ sở sản xuất công nghiệp, bệnh viện, cơ sở giáo dục đại học, cơ sở giáo dục nghề nghiệp và các cơ quan, đơn vị trong nội thành Hà Nội. Cụ thể có 9 cơ sở của các bộ, ngành; 8 bệnh viện tuyến T.Ư và 1 cơ sở giáo dục thuộc diện phải di dời, tuy nhiên, đến nay, dù nhiều bộ, ngành, đơn vị đã được bố trí quỹ đất mới hoặc xây trụ sở mới nhưng đều chưa bàn giao quỹ đất cho Hà Nội. Thế nên, dư luận quan tâm đặt câu hỏi "tại sao" là rất xác đáng khi Hà Nội đang từng bước thực hiện những chủ trương giảm tải áp lực hạ tầng đô thị, như hạn chế phương tiện cá nhân; Yêu cầu các cơ quan chức năngtrước khi thẩm định, trình phê duyệt các dự án đầu tư xây dựng phải tính toán, dự báo quy mô dân số, nhằm khắc phục tình trạng phát triển mất cân đối giữa sự gia tăng dân số và hạ tầng xã hội…, bởi ùn tắc giao thông tại Hà Nội chưa cải thiện nhiều; bởi cứ sau mỗi trận mưa to lại có thêm nhiều tuyến phố, khu dân cư bị úng ngập.
Trước những áp lực đó, quyết tâm đẩy nhanh tiến độ di dời bộ, ngành, cơ sở y tế, trường học ra khỏi nội đô và quỹ đất sau khi di dời ưu tiên phục vụ đầu tư xây dựng bổ sung các công trình công cộng là việc làm cấp thiết. Việc sử dụng quỹ đất sau di dời đúng mục đích sẽ đóng góp vai trò quan trọng trong quản lý đô thị, phát triển đô thị bền vững.Các quy hoạch sau đó đều phải vì lợi ích chung, phù hợp với xu thế phát triển đô thị trong tương lai.