Để đạt mục tiêu phối hợp kiểm soát động vật (ĐV), sản phẩm ĐV được lưu thông, tiêu thụ từ Hà Nội tới các tỉnh và ngược lại, Chi cục Thú y Hà Nội đã ký thỏa thuận phối hợp với 16 Chi cục Thú y tỉnh, thành phía Bắc. Nhờ sự phối hợp chặt chẽ mà cơ chế liên lạc giữa các tỉnh, TP trong công tác kiểm dịch vận chuyển, kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y, ATTP luôn được đảm bảo. Phần lớn số gia súc, gia cầm vận chuyển lưu thông giữa các tỉnh tham gia ký kết thỏa thuận phối hợp đều được tiêm phòng, kiểm dịch, kiểm tra vệ sinh thú y tại nơi xuất phát đúng theo quy định.
Năm 2015, Chi cục Thú y Hà Nội tiếp tục ký thỏa thuận phối hợp với 8 Chi cục Thú y các tỉnh: Tuyên Quang, Yên Bái, Bắc Kạn, Điện Biên, Ninh Bình, Cao Bằng, Hà Giang, Lai Châu. Theo số liệu thống kê của Chi cục Thú y Hà Nội, trong năm 2014, các tỉnh đã kiểm tra, cấp giấy chứng nhận kiểm dịch ĐV, sản phẩm ĐV nhập về Hà Nội với số lượng lớn. Trong đó, gồm: 17.814 con trâu, bò; hơn 1,3 triệu con lợn, hơn 16 triệu con gia cầm, hơn 38 triệu quả trứng. Cùng với đó, Chi cục Thú y Hà Nội cũng kiểm tra, cấp giấy chứng nhận kiểm dịch ĐV, sản phẩm ĐV xuất đi các TP. Cụ thể: 4.313 con trâu, 47.815 con lợn, hơn 4,5 triệu con gia cầm, hơn 24 triệu quả trứng.
