Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, khi còn đương chức Giám đốc Bệnh viện TP Thủ Đức, ông Nguyễn Minh Quân chỉ đạo người làm thuê là Nguyễn Văn Lợi (SN 1986) thực hiện các bước khi làm hồ sơ đấu thầu.
Cụ thể, Lợi chỉ đạo Trần Hậu Nghĩa (SN 1986), được thuê làm Giám đốc Công ty TNHH Thiết bị y tế Hải Đăng; đồng thời làm Phó Giám đốc Công ty TNHH Ngọc Đạo làm 3 bộ hồ sơ cho 3 công ty thuộc nhóm 4 công ty do Lợi quản lý, trong đó 1 bộ có tiêu chí tốt hơn 2 bộ còn lại, để 1 công ty trúng thầu.
Tiếp đó Quân cho lập Tổ mua sắm do Ngô Trương Ngọc Bích (SN 1987, Trưởng phòng Vật tư thiết bị y tế) làm Tổ trưởng và Nguyễn Huy Việt (SN 1980, nhân viên) làm thành viên. Giao cho Đặng Thị Hiên (SN 1985, Kế toán trưởng bệnh viện) làm Trưởng đơn vị dự án đầu tư.
Hàng năm, Quân ký quyết định thành lập các Tổ thực hiện đấu thầu, như: tổ soạn thảo hồ sơ mời thầu, Tổ mời thầu, Tổ chuyên gia xét thầu và Tổ thẩm định giá đấu thầu cho đủ thành phần, thủ tục theo quy định pháp luật về đấu thầu từ khâu lập dự toán đến tổ chức mời thầu, chấm thầu, ký hợp đồng. Quân giao cho Nguyễn Thị Ngọc (SN 1973) và Nguyễn Lan Anh (SN 1984, cả 2 cùng là Phó Giám đốc bệnh viện) làm Tổ trưởng, thực chất các Tổ đấu thầu không hoạt động theo quyết định phân công, chỉ hoàn thiện, hợp thức hóa hồ sơ.
Dù biết rõ các công ty do Lợi điều hành, quản lý là “sân sau” của Quân, nhưng theo chỉ đạo của Quân, tổ mua sắm đã thực hiện các hành vi sai phạm. Cụ thể, Hiên liên hệ với các Khoa, Phòng tiếp nhận đề xuất mua trang thiết bị y tế để lập danh mục dự trù mua sắm. Bích liên hệ với Lợi lấy các báo giá, cấu hình kỹ thuật trang thiết bị y tế của các công ty Lợi quản lý, phối hợp với Hiên lập dự toán mua sắm trang thiết bị y tế để Quân ký trình Sở Y tế TP Hồ Chí Minh và UBND quận Thủ Đức (cũ) xin phê duyệt.
Quá trình thực hiện thủ tục đấu thầu, Bích giao Việt xây dựng hồ sơ mời thầu, hoàn thiện hồ sơ đề xuất kỹ thuật, hồ sơ đề xuất tài chính. Đồng thời lập các báo cáo: thẩm định hồ sơ mời thầu; thẩm định kết quả đánh giá hồ sơ đề xuất kỹ thuật; thẩm định kết quả đánh giá hồ sơ tài chính, ấn định cho nhóm công ty của Lợi trúng 27/28 gói thầu và được thanh toán các hợp đồng với giá máy móc, thiết bị được nâng khống.
Theo phân công của Quân, thì Ngọc làm Tổ trưởng các tổ: soạn thảo hồ sơ mời thầu, mời thầu, chuyên gia xét thầu; Anh làm Tổ trưởng thẩm định đấu thầu đối với các gói thầu mua sắm máy móc, trang thiết bị y tế năm 2016, 2017 và 2018. Do được Quân chỉ đạo thông qua các cuộc họp giao ban của bệnh viện về các hoạt động liên quan đến trình tự, thủ tục đấu thầu các gói mua sắm máy móc, trang thiết bị y tế của bệnh viện sẽ do tổ mua sắm, Phòng Vật tư trang thiết bị y tế và Phòng Tài chính kế toán thực hiện, các thành viên còn lại chỉ ký cho đủ thủ tục hoàn thiện hồ sơ nên Ngọc và Anh không giao nhiệm vụ cho các thành viên trong tổ, không nghiên cứu báo cáo đánh giá của tổ thẩm định, chỉ ký tên trên báo cáo thẩm định của Phòng Vật tư trang thiết bị y tế đã soạn sẵn nhằm hoàn thiện hồ sơ, ấn định cho các công ty của Lợi trúng các gói thầu và được thanh toán các hợp đồng trái quy định pháp luật.
Trong năm 2018 và 2019, Bệnh viện TP Thủ Đức có thuê đơn vị tư vấn, thẩm định giá thầu là Công ty CP Tư vấn đầu tư xây dựng Thành Công (Công ty Thành Công) với phí dịch vụ hơn 104 triệu đồng; Công ty CP Đầu tư kiểm định và xây dựng Sông Hồng (Công ty Sông Hồng) với phí thẩm định 4 triệu đồng đối với 3 gói thầu (1 gói năm 2018 và 2 gói năm 2019). Cả 3 gói thầu nêu trên chỉ có Công ty TNHH TMDV-SX Nguyễn Tâm; Công ty TNHH Thanh Vương Sài Gòn; Công ty TNHH Dược phẩm Trung Dung mua hồ sơ dự thầu. Lợi chỉ đạo xây dựng hồ sơ thầu theo các tiêu chí để Công ty TNHH TMDV-SX Nguyễn Tâm trúng thầu nên kết quả tư vấn, thẩm định của Công ty Thành Công và Công ty Sông Hồng xác định Công ty TNHH TMDV-SX Nguyễn Tâm đủ điều kiện trúng thầu.
Từ năm 2016-2020, nhóm 4 công ty do Lợi quản lý, trúng thầu 27/28 gói thầu tại Bệnh viện TP Thủ Đức, với tổng giá trị hơn 345 tỷ đồng. Công ty TNHH Ngọc Đạo do Nguyễn Trần Ngọc Diễm (SN 1972, vợ ông Quân) trúng 3 gói thầu cung ứng 10 thiết bị, tổng giá trúng thầu 9,63 tỷ đồng; tổng giá mua 8,09 tỷ đồng, chi phí khác 1,54 tỷ đồng, cả 3 gói thầu này không có lợi nhuận.
Công ty TNHH Thanh Vương Sài Gòn trúng 3 gói với tổng giá trúng thầu 7,64 tỷ đồng, tổng giá mua 3,37 tỷ đồng, chi phí khác 1,96 tỷ đồng, lợi nhuận 2,3 tỷ đồng. Công ty TNHH Dược phẩm Trung Dung trúng 9 gói thầu với giá 33,42 tỷ đồng, tổng giá mua 18,79 tỷ đồng, chi phí khác 7,23 tỷ đồng, lợi nhuận 7,39 tỷ đồng.
Với 27 gói thầu trúng, lợi nhuận của 4 công ty do Lợi quản lý lời hơn 102 tỷ đồng. Lợi đã chỉ đạo nhân viên chuyển cho vợ chồng Quân, Diễm hơn 103,6 tỷ đồng là tiền nâng khống giá mua trang thiết bị y tế cho bệnh viện để chiếm đoạt.
