Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Xây dựng và UBND các tỉnh nêu trên là cơ quan chủ quản của các dự án thành phần; tiếp thu ý kiến các cơ quan liên quan, chịu trách nhiệm lập và hoàn thiện Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư.
Bộ Xây dựng tham gia dự án với vai trò phối hợp, hỗ trợ nâng cao năng lực tổng thể cho các đô thị tham gia dự án. Kinh phí dự án thành phần do Bộ Xây dựng quản lý từ nguồn vốn viện trợ không hoàn lại. Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư; trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, phê duyệt chủ trương đầu tư theo đúng quy định hiện hành.
