Theo đó, 10 bị can bị truy tố gồm: Ông Chu Tiến Dũng (cựu Tổng giám đốc CNS); Nguyễn Hoàng Hoa (cựu Chủ tịch HĐTV CNS), Nguyễn Hoàng Anh (cựu Chủ tịch HĐTV CNS), Đỗ Văn Ngà (cựu kế toán trưởng CNS), Lê Viết Ba (cựu Phó phòng tài chính - kế toán CNS), Vũ Lê Tùng (cựu Phó tổng giám đốc CNS), Huỳnh Tấn Tư (cựu Phó Tổng giám đốc CNS), Nguyễn Đức Vượng (cựu Chánh văn phòng CNS), Phạm Thúy Oanh (cựu Phó Tổng giám đốc Công ty CP TIE - công ty con của CNS), Hoàng Minh Trí (cựu thành viên HĐQT TIE, Phó Giám đốc Công ty Phát triển công viên phần mềm Quang Trung thuộc CNS).
Trước đó, theo kết luận điều tra, ngày 15/1/2019, Cục An ninh kinh tế - Bộ Công an tiếp nhận đơn tố cáo đề ngày 21/9/2018 của tập thể cán bộ, công nhân viên CNS tố cáo ông Chu Tiến Dũng (Tổng Giám đốc CNS) có một số hành vi vi phạm pháp luật.
Nội dung tố cáo ông Dũng gồm 6 vấn đề: Rút tiền từ quỹ khen thưởng người lao động, với số tiền 21,8 tỷ đồng; Chỉ đạo thoái vốn của CNS tại Sagel và TIE, gây thiệt hại tài sản nhà nước 1,7 tỷ đồng; Thông qua việc góp vốn hợp tác đầu tư kinh doanh ngoài ngành với Công ty TNHH TM-DV Hoa Mai bằng quyền sử dụng đất được định giá thấp hơn so với giá trị thị trường, gây thiệt hại 1.461,6 tỷ đồng; Rút tiền của công ty thông qua thanh toán bằng thẻ tín dụng, số tiền 1,2 tỷ đồng; Sử dụng tiền của công ty để chi cho mục đích cá nhân được hợp thức dưới danh nghĩa đi công tác nước ngoài với số tiền 1 tỷ đồng; Rút tiền 3,6 tỷ đồng thông qua việc yêu cầu CNS mua bảo hiểm nhân thọ cho người lao động trái quy định nhà nước để nhận tiền “chăm sóc khách hàng” từ công ty bảo hiểm.
Ngày 27/7/2020 và 13/10/2020, Thanh tra TP Hồ Chí Minh chuyển kết luận thanh tra đối với CNS và hồ sơ, tài liệu kèm theo cho Cục An ninh kinh tế để tiếp tục điều tra, làm rõ các dấu hiệu vi phạm pháp luật trong việc quản lý, sử dụng tài sản nhà nước, gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại CNS.
Ngày 26/1/2021, căn cứ kết quả giải quyết tin báo, tố giác về tội phạm và kết luận thanh tra, Cục An ninh kinh tế khởi tố vụ án hình sự vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí, xảy ra tại Tổng công ty Công nghiệp Sài Gòn - TNHH MTV đồng thời chuyển vụ án đến Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an để tiếp tục điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Kết quả điều tra vụ án, Cơ quan An ninh điều tra xác định bị can Chu Tiến Dũng và đồng phạm đã có hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước trong việc quản lý, sử dụng quỹ khen thưởng CNS, gây thất thoát hơn 17 tỷ đồng; thực hiện thoái vốn đầu của CNS tại TIE trái quy định, gây thất thoát hơn 4,6 tỷ đồng.
Quá trình điều tra vụ án sai phạm xảy ra tại CNS, Cơ quan An ninh điều tra đã tạm giữ tổng số tiền 26 tỷ đồng của một số bị can và người liên quan trong vụ án.
