Theo nhận định của Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (Bộ NN&PTNT), mặc dù đã có nhiều cố gắng trong công tác quản lý nhưng chất lượng vật tư nông nghiệp và sản phẩm nông lâm thủy sản vẫn còn nhiều lo ngại. Kết quả giám sát trên rau tại 6 tỉnh, TP trong năm 2011, tỷ lệ tồn dư thuốc bảo vệ thực vật trên vượt mức cho phép chiếm 10,1%, năm 2012 là 8%.
Kết quả giám sát thịt lợn, thịt gà năm 2011 tại 8 tỉnh, TP và tại 17 tỉnh, TP năm 2012 cho thấy ô nhiễm vi sinh vật tại cơ sở giết mổ, cơ sở kinh doanh thịt còn ở mức cao. Trong đó, tại cơ sở kinh doanh thịt lợn, số mẫu phát hiện nhiễm Salmonella vượt mức cho phép năm 2011 chiếm 15,63%, năm 2012 chiếm 10%. Tại cơ sở kinh doanh thịt gà tỷ lệ lần lượt là 30,77% và 38,7%.
Bộ trưởng Bộ NN&PTNT Cao Đức Phát khẳng định, quản lý chất lượng an toàn thực phẩm là vấn đề lớn được cả xã hội quan tâm, đặc biệt là sau khi có Luật An toàn thực phẩm. Năm 2013 Bộ NN&PTNT xác định tăng cường quản lý chất lượng vật tư nông nghiệp và đảm bảo an toàn thực phẩm nông sản là nhiệm vụ trọng tâm số một. Mục tiêu giảm 10% cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông nghiệp xếp loại C và giảm 10% số vi phạm về an toàn thực phẩm.
