Nếu như ở vòng đấu mở màn, Ban Tổ chức đã áp dụng hệ thống VAR ở 4 trận, đến vòng đấu này sẽ chỉ có 3 trận đấu. Cụ thể, Ban trọng tài Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF) đã phân công giám sát trọng tài và trọng tài làm nhiệm vụ ở vòng 2 V-League 2023/2024. Ở trận đấu sớm nhất vòng diễn ra vào thứ 6 ngày 27/10 giữa Viettel và Thanh Hoá sẽ được áp dụng. Trọng tài Nguyễn Mạnh Hải được bố trí điều khiển trận đấu, trọng tài VAR là Ngô Duy Lân và trợ lý VAR là Hoàng Thanh Bình.
Được biết, lý do khi chỉ có 3 thay vì 4 trận so với vòng 1 bởi 2 xe VAR hiện tại chỉ hoạt động từ Hà Tĩnh trở ra Hà Nội. Trong khi vòng 2 ở khu vực phía Bắc chỉ có 3 trận đấu là Viettel gặp Thanh Hóa (ngày 27/10), Hồng Lĩnh Hà Tĩnh gặp SLNA (28/10) và Hà Nội FC gặp Hải Phòng (29/10).
Cặp đấu thứ 2 được áp dụng là trận Derby trên sân Hà Tĩnh khi chủ nhà Hồng Lĩnh Hà Tĩnh gặp SLNA. Ban trọng tài đã phân công trọng tài FIFA Hoàng Ngọc Hà điều khiển trận đấu, trọng tài VAR là Nguyễn Trung Kiên và trợ lý VAR là Nguyễn Trung Hậu.
Ở cặp đấu thứ 3, Hà Nội FC sẽ đón tiếp Hải Phòng trên sân nhà Hàng Đẫy. Đây là trận đấu luôn nhận được sự quan tâm khi các cầu thủ thi đấu máu lửa, điều đáng tiếc nhất ở cặp đấu này là khán giả Hải Phòng không được đến sân Hàng Đẫy khi nhận án phạt của VFF do vi phạm trước đó. Trận đấu này được áp dụng VAR do trọng tài Trần Ngọc Nhớ điều khiển, trọng tài VAR là Dương Hữu Phúc và trợ lý VAR là Nguyễn Viết Duẩn.
