Theo đó, Tổng cục Hải quan cho biết, nhằm tăng cường công tác kiểm tra xuất xứ đảm bảo thực hiện thống nhất và đúng quy định hiện hành, tránh trường hợp cho áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt không đúng quy định, Tổng cục Hải quan đã gửi công văn số 2668a/GSQL-GQ4 hướng dẫn Cục Hải quan địa phương thực hiện đúng quy định tại Nghị định số 129/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 về việc chỉ hàng hóa nhập khẩu tại chỗ nhập khẩu từ khu phi thuế quan có C/O hợp lệ do Bộ Công Thương cấp mới được kiểm tra, xem xét áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Đối với kiến nghị của Công ty Cổ phần sữa Vinamilk Việt Nam phản ánh liên quan đến việc chưa thực hiện nhất quán hướng dẫn liên quan việc hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt đối với loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ, Tổng cục Hải quan cho biết, Bộ Tài chính đang báo cáo các cấp thẩm quyền xem xét chỉ đạo xử lý các trường hợp đăng ký tờ khai từ thời điểm 1/1/2012 đến nay.
Bên cạnh đó, để đảm bảo khuyến khích sự phát triển của ngành công nghiệp phụ trợ, kích thích hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp trong nước tạo sự bình đẳng cho các doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, Bộ Tài chính báo cáo cấp có thẩm quyền về việc sẽ tiến hành rà soát, phối hợp với các cơ quan, tổ chức liên quan như Bộ Công Thương, Hiệp hội doanh nghiệp, VCCI... đánh giá tổng thể tác động của quy định này đến sản xuất trong nước và báo cáo đề xuất cụ thể sau khi đánh giá tác động.
Lãnh đạo Tổng cục Hải quan cũng đã khẳng định trên báo chí về việc Vinamilk chưa đáp ứng đủ điều kiện được hưởng ưu đãi thuế. Theo đó, để được hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp phải đáp ứng đủ 3 điều kiện: Thứ nhất, hàng hóa phải trong danh mục ưu đãi; Thứ hai, hàng hóa phải thỏa mãn chứng nhận xuất xứ C/O; Thứ ba, hàng hóa phải nằm trong khu chế xuất hoặc khu phi thuế quan. Trong khi, Vinamilk chưa đáp ứng đủ điều kiện thứ 3 để được hưởng ưu đãi thuế.
Tuy nhiên, Tổng cục Hải quan cũng cho biết, vì không phải chỉ có một trường hợp Vinamilk, nên Tổng cục đang tập hợp các trường hợp này để trình lên cấp cao hơn tìm phương án giải quyết.
Trước đó, Vinamilk và một số DN đã có ý kiến khiếu nại việc áp dụng thuế suất nhập khẩu năm 2017 ưu đãi đặc biệt đối với mặt hàng đường tinh luyện có C/O mẫu D khiến họ bị truy thu hàng tỷ đồng tiền thuế.