Sau đó, UBND huyện đã vào cuộc làm rõ vấn đề và chuyển vụ việc sang Công an huyện để điều tra, củng cố hồ sơ, khởi tố vụ án theo quy định của pháp luật.
Ngày 2/5/2018, Công an huyện Ứng Hòa đã ban hành Thông báo số 35 nêu rõ việc sau khi nhận văn bản số 151/UBND-TTH của Thanh tra Nhà nước huyện ngày 27/2/2018 có nội dung tin báo về tội phạm liên quan đến ông Dư Đình Huyên - Chủ nhiệm HTXNN thôn Phù Lưu Hạ, xã Phù Lưu cùng Ban quản trị HTXNN chi tiêu sai nguyên tắc số tiền 330.619.000 đồng của quỹ HTXNN Phù Lưu Hạ, có dấu hiệu tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Theo đó, Công an huyện đã tiến hành kiểm tra, xác minh nội dung tin báo. Ngày 2/5, Công an huyện có kết luận xác minh số 35 đối với tin báo về tội phạm nêu trên, đồng thời ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 52 ngày 2/5/2018 đối với vụ việc vi phạm tại HTXNN Phù Lưu Hạ về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo Điều 356 BLHS để điều tra xử lý theo quy định của pháp luật.Theo Đại tá Nguyễn Thành Trung - Trưởng Công an huyện Ứng Hòa, ngày 29/5, Công an huyện Ứng Hòa đã có văn bản số 110/CV-CSĐT gửi UBND huyện Ứng Hòa và UBND xã Phù Lưu với nội dung: Cơ quan CSĐT Công an huyện Ứng Hòa đang thụ lý điều tra vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” xảy ra tại thôn Phù Lưu Hạ từ năm 2013 - 2015. Liên quan đến vụ án, Cơ quan CSĐT Công an huyện đã ra quyết định khởi tố bị can đối với Dư Đình Huyên - Chủ nhiệm HTX; Phạm Văn Quý - Phó Chủ nhiệm HTX; Trần Đình Khảng - Trưởng kiểm soát; Phạm Ngọc Sử - Kế toán trưởng HTX về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo Điều 356 BLHS. Qua xác minh lai lịch các bị can được biết hiện các bị can là cán bộ Ban quản trị, Ban kiểm soát, Ban tài vụ của HTXNN Phù Lưu Hạ từ năm 2010 đến nay. “Căn cứ Điều 181 Bộ luật Tố tụng hình sự, Công an huyện đề nghị UBND huyện Ứng Hòa và UBND xã Phù Lưu đình chỉ chức vụ đối với các bị can, gồm: Dư Đình Huyên, Phạm Văn Quý, Trần Đình Khảng, Phạm Ngọc Sử. Cũng trong ngày 29/5, Công an huyện đã ban hành các Thông báo từ số 89 - 92 về việc áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú từ ngày 30/5/2018 - 2/5/2019 đối với 4 bị can, giao cho UBND xã Phù Lưu quản lý, theo dõi các bị can trong thời gian nêu trên” - Đại tá Nguyễn Thành Trung cho biết.Liên quan đến nội dung này, Chủ tịch UBND xã Phù Lưu Phạm Văn Biển cho biết, từ khi biết Công an huyện tích cực vào cuộc điều tra, làm rõ hành vi vi phạm, đồng thời đã ra quyết định khởi tố vụ án và khởi tố các bị can theo đúng quy định, đến nay tình hình an ninh trật tự tại địa phương đã ổn định, người dân yên tâm lao động sản xuất.
