Theo thông tin ban đầu, tại thời điểm trên anh Phạm Mạnh T (27 tuổi, trú xã Bách Thuận, huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình) điều khiển xe máy mang BKS: 17B2 - 25732 chở theo 1 phụ nữ (chưa rõ danh tính) lưu thông dọc quốc lộ 10.
Khi chuyển hướng từ quốc lộ 10 qua đường ngang dân sinh giao cắt đường sắt Bắc - Nam tại vị trí km 105 + 750 rẽ vào xã Yên Ninh, anh T không chú ý quan sát nên đã bị tàu chở khách số hiệu SE20 hành trình Nam - Bắc đâm trực diện.Cú va chạm khiến xe máy bị văng xa khoảng 50 m. Anh T và người phụ nữ ngồi sau tử vong tại chỗ. Chiếc xe máy bị hất văng xuống mép bờ ruộng, hư hỏng nặng. Vụ tai nạn khiến chuyến tàu trễ giờ khoảng 20 phút để xử lý tai nạn.