Nội dung này được quy định tại Điều 25 dự thảo Thông tư về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để hướng dẫn Luật Hải quan 2014. Theo đó, về xử lý kết quả kiểm tra trị giá trong thông quan, dự thảo Thông tư quy định theo hướng: Không quy định đối tượng kiểm tra trị giá trong thông quan mà xác định đối tượng kiểm tra trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro theo quy định chung tại dự thảo. Về xử lý kết quả kiểm tra trị giá, dự thảo thông tư quy định: Trường hợp cơ quan Hải quan có đủ căn cứ bác bỏ trị giá khai báo, DN chấp nhận với cơ sở bác bỏ, cho phép khai sửa đổi, bổ sung và xử phạt theo quy định. Nếu DN không chấp nhận, cơ quan Hải quan sẽ thông quan theo khai báo và sẽ thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định. Trong trường hợp có nghi vấn về trị giá khai báo, tùy thuộc ý kiến của người khai hải quan, cơ quan Hải quan thông quan theo trị giá khai báo, chuyển các nghi vấn để thực hiện kiểm tra sau khi hàng hóa đã thông quan, hoặc giải phóng hàng hóa theo trị giá khai báo và tổ chức tham vấn. Bên cạnh đó, Thông tư quy định xử lý kết quả tham vấn gồm 2 trường hợp: Khi cơ quan Hải quan có đủ căn cứ bác bỏ trị giá khai báo: Yêu cầu người khai hải quan khai sửa đổi, bổ sung để thông quan hàng hóa, đồng thời xử lý vi phạm theo quy định. Trường hợp người khai hải quan không khai sửa đổi bổ sung thì thông quan theo trị giá khai báo, chuyển nghi vấn để thực hiện kiểm tra sau thông quan. Và trường hợp sẽ thông quan theo trị giá DN khai báo đối với các trường hợp cơ quan Hải quan không có đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo.