Theo đó, Quy chế quy định về tổ chức hoạt động và phối hợp của Hội đồng điều phối vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ nhằm tạo sự thống nhất, đồng bộ để thực hiện mục tiêu định hướng phát triển bền vững vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ.
Vùng đồng bằng sông Hồng gồm các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương: Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh, Hải Dương, Hưng Yên, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình, Thái Bình.
Vùng Đông Nam Bộ gồm các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương sau: Thành phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu.
Chương trình dự án liên kết vùng là các chương trình, dự án nằm trên địa bàn hai tỉnh, thành phố trở lên hoặc nằm trên địa bàn của một tỉnh, thành phố nhưng có tác động đến ít nhất một tỉnh, thành phố khác trong vùng đồng bằng sông Hồng hoặc vùng Đông Nam Bộ.
Về nguyên tắc điều phối, Quy chế nêu rõ phải tuân thủ Hiến pháp, quy định các Luật liên quan về cơ chế, chính sách phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm quốc phòng, an ninh của vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ.
Nội dung lĩnh vực điều phối là liên kết phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ.
Việc phối hợp phải đảm bảo nguyên tắc đồng thuận, bình đẳng, công khai, minh bạch và phù hợp với các quy định của pháp luật; thực hiện phối hợp thông qua các quy hoạch, kế hoạch, chương trình và dự án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
Việc chủ trì tổ chức thực hiện công tác phối hợp được giao cho bộ, ngành, địa phương có chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn liên quan hoặc chịu tác động nhiều nhất đến lĩnh vực, nhiệm vụ cần phối hợp.
Những vấn đề không đạt được sự đồng thuận hoặc vượt thẩm quyền quyết định của các bộ, ngành và địa phương trong vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ thì căn cứ đề nghị của Hội đồng điều phối vùng, Chủ tịch Hội đồng điều phối vùng báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định theo quy định của pháp luật hiện hành.
Việc lập và tổ chức thực hiện các quy hoạch vùng, ngành quốc gia, quy hoạch tỉnh và các quy hoạch có liên quan trên địa bàn vùng đồng bằng sông Hồng thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 phải được phối hợp để bảo đảm tích hợp, thống nhất, đồng bộ giữa các quy hoạch, trong đó các lĩnh vực chủ yếu cần phối hợp gồm: Hệ thống giao thông kết nối; logistics; xử lý nước thải, chất thải rắn, chất thải nguy hại; khu du lịch; nguồn nhân lực; các cơ sở giáo dục đại học; cơ sở nghiên cứu khoa học; các bệnh viện và xử lý ô nhiễm môi trường.
Việc lập và tổ chức thực hiện các quy hoạch vùng, ngành quốc gia, quy hoạch tỉnh và các quy hoạch có liên quan trên địa bàn vùng Đông Nam Bộ phải được phối hợp để bảo đảm tích hợp, thống nhất, đồng bộ giữa các quy hoạch, trong đó các lĩnh vực chủ yếu cần phối hợp gồm: Kết nối hệ thống giao thông; phát triển các ngành (công nghiệp, dịch vụ, logistics, khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo); hạ tầng thông tin; cấp nước; xử lý nước thải, chất thải rắn, chất thải nguy hại, xử lý ô nhiễm môi trường; đào tạo, phát triển nguồn nhân lực; y tế.
Trên cơ sở quy hoạch vùng và quy hoạch các tỉnh, thành phố thuộc vùng đồng bằng sông Hồng, vùng Đông Nam Bộ được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Hội đồng điều phối các vùng này chỉ đạo, phối hợp với các bộ, ngành và tỉnh, thành phố trong vùng tổ chức Hội nghị xúc tiến đầu tư, huy động nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài (FDI), nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài và nguồn vốn từ các thành phần kinh tế trong nước để thực hiện các chương trình, dự án đầu tư trong vùng.