Kết quả điều tra bước đầu xác định, Nguyễn Thanh Nam đã có hành vi giúp sức cho Phạm Minh Tuấn (nguyên Phó Chủ tịch HĐQT Công ty chứng khoán SME, bị can trong vụ án) tạo dựng số dư chứng khoán để Habubank giải ngân 80 tỷ đồng. Trong số tiền trên, Nguyễn Thanh Nam tự ý lấy sử dụng cá nhân 7 tỷ đồng.
Trước đó, bằng thủ đoạn tạo khống hàng triệu cổ phiếu vào các tài khoản không có thật, một số lãnh đạo Công ty chứng khoán SME đã lừa Công ty CP Bảo hiểm dầu khí Việt Nam (PVI) ký hợp tác đầu tư, chuyển 108 tỷ đồng rồi chiếm đoạt. Trong đó, cơ quan điều tra cáo buộc, ông Tuấn chiếm đoạt 37 tỷ đồng; ông Phan Huy Chí, cựu Chủ tịch HĐQT chiếm đoạt 42 tỷ đồng.