Theo Quyết định số 790-QĐ/TU, Đoàn kiểm tra số 1 do Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Bí thư Thường trực Thành ủy Nguyễn Thị Tuyến làm Trưởng đoàn và kiểm tra tại các quận, huyện: Cầu Giấy, Ba Đình, Hà Đông, Thanh Trì, Đan Phượng, Quốc Oai.
Đoàn kiểm tra số 2 do Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Bí thư Thành ủy, Chủ tịch UBND TP Chu Ngọc Anh làm Trưởng đoàn và kiểm tra tại các quận, huyện: Đống Đa, Thanh Xuân, Bắc Từ Liêm, Thanh Oai, Chương Mỹ, Hoài Đức.
Đoàn kiểm tra số 3 do Phó Bí thư Thành ủy, Chủ tịch HĐND TP Nguyễn Ngọc Tuấn làm Trưởng đoàn và kiểm tra tại các quận, huyện, thị xã: Hoàn Kiếm, Tây Hồ, Thường Tín, Mê Linh, Sơn Tây, Ba Vì.
Đoàn kiểm tra số 4 do Phó Bí thư Thành ủy Nguyễn Văn Phong làm Trưởng đoàn và kiểm tra tại các quận, huyện: Hai Bà Trưng, Nam Từ Liêm, Phú Xuyên, Phúc Thọ, Đông Anh, Sóc Sơn.
Đoàn kiểm tra số 5 do Phó Chủ tịch UBND Chử Xuân Dũng - Trưởng ban Chỉ đạo công tác phòng, chống dịch Covid-19 TP làm Trưởng đoàn và kiểm tra tại các quận, huyện: Hoàng Mai, Long Biên, Gia Lâm, Thạch Thất, Ứng Hòa, Mỹ Đức.
Các đoàn kiểm tra có nhiệm vụ giúp Ban Thường vụ, Thường trực Thành ủy kiểm tra, đôn đốc công tác lãnh đạo, chỉ đạo triển khai những nhiệm vụ, giải pháp phòng, chống dịch Covid-19 theo chỉ đạo của Ban Bí thư, Bộ Y tế, Thành ủy và UBND TP tại các địa phương, đơn vị.
Các đoàn kiểm tra phát hiện, kịp thời giải quyết hoặc đề xuất, kiến nghị Ban Thường vụ Thành ủy và các cấp có thẩm quyền để chỉ đạo, giải quyết những khó khăn, vướng mắc, bất cập trong quá trình triển khai các giải pháp phòng, chống dịch Covid-19; giải pháp tháo gỡ khó khăn cho sản xuất, kinh doanh, bảo đảm an sinh xã hội ứng phó với dịch bệnh. Phát hiện và chỉ đạo, kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý nghiêm các tổ chức, cá nhân thiếu trách nhiệm, sai phạm trong quá trình thực hiện nhiệm vụ phòng, chống dịch Covid-19 theo quy định.