Theo đó, Tổng cục Lâm nghiệp khẳng định việc VQG Ba Vì tổ chức liên kết kinh doanh du lịch sinh thái kết hợp với bảo vệ và phát triển rừng tại VQG Ba Vì là đúng thẩm quyền theo pháp luật. Vị trí, diện tích các khu vực VQG Ba Vì ký hợp đồng liên kết với các chủ đầu tư phù hợp với quy hoạch đã được duyệt. Quá trình tôn tạo, xây dựng các cụm công trình nhà và các công trình cơ sở hạ tầng tại cốt 600 đều được thực hiện trên các nền phế tích cũ, không chặt phá cây rừng, không làm thay đổi hiện trạng rừng và đất rừng. Quá trình thực hiện, các đơn vị liên kết đã làm tốt nhiệm vụ bảo vệ và phát triển rừng trên diện tích liên kết như: Đã hỗ trợ bảo vệ được 260,7ha rừng làm hành lang bảo vệ rừng và đất rừng liên kết du lịch sinh thái, ngăn chặn việc chăn thả trâu bò, hái cây thuốc, quản lý bảo vệ rừng và phòng chống cháy rừng, tạo cảnh quan đẹp, thu hút được nhiều lượng khách trong nước và khách quốc tế tham quan, nghỉ dưỡng góp phần nâng cao thu nhập, tạo nhiều việc làm cho lao động tại địa phương.Toàn bộ kinh phí thu được từ các hợp đồng liên kết kinh doanh đã được VQG Ba Vì sử dụng, hạch toán, báo cáo tài chính theo đúng quy định. Điều này đã góp phần nâng cao thu nhập của đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức của đơn vị, tạo thêm công ăn việc làm, bổ sung kinh phí cho hoạt động quản lý bảo vệ rừng.
Bên cạnh đó, kết luận thanh tra cũng chỉ ra những tồn tại, thiếu sót. Cụ thể, trong việc ký kết hợp đồng liên kết giữa VQG Ba Vì với các đơn vị liên quan, Tổng cục Lâm nghiệp khẳng định việc ký các hợp đồng liên kết khi chưa có các đề án được phê duyệt, thời gian hợp đồng liên kết 53 năm với các DN là chưa đúng với chỉ đạo của Bộ NN&PTNT tại văn bản số 1847/BNN-KL ngày 1/7/2008. Một số nội dung trong hợp đồng thiếu chặt chẽ (giao rừng, đất lâm nghiệp và tài sản cho đơn vị liên kết). Đồng thời việc quy định trong hợp đồng cho phép đơn vị liên kết được hưởng 10% tiền vé vào cửa là chưa đúng quy định hiện hành về quản lý tài chính. Trách nhiệm dẫn tới những tồn tại thiếu sót, khuyết điểm trên thuộc về Giám đốc và các cán bộ có liên quan của VQG Ba Vì ở thời điểm ký hợp đồng (tháng 8/2008).
Đối với việc thực hiện hợp đồng liên kết, việc cho phép Công ty TNHH phát triển công nghệ (CFTD) tôn tạo, xây dựng các cụm công trình tại khu vực cốt 600 khi dự án được phê duyệt là chưa đủ pháp lý theo quy định hiện hành. Trách nhiệm thuộc về chủ đầu tư (CFTD), Giám đốc và các cán bộ của VQG Ba Vì từ thời điểm ký hợp đồng đến ngày 15/4/2011 (thời điểm cơ bản hoàn thành triển khai lắp dựng 13 căn nhà).
Việc CFTD tiếp tục triển khai sửa chữa, nâng cấp các căn nhà khi chưa có dự án được duyệt, trách nhiệm thuộc về Giám đốc và các cán bộ của VQG Ba Vì ở thời điểm từ tháng 4/2011 đến thời điểm thanh tra.
Đối với Vụ Bảo tồn thiên nhiên thuộc Tổng cục Lâm nghiệp, kết luận thanh tra cho rằng trong quá trình xem xét, tham mưu cho lãnh đạo Tổng cục trình Bộ NN&PTNT phê duyệt quy hoạch chi tiết mặt bằng tổng thể khu dịch vụ du lịch thuộc phân khu hành chính dịch vụ I -VQG Ba Vì, đã thiếu sâu sát, chỉ dựa vào hồ sơ để nghị của VQG Ba Vì, không tổ chức kiểm tra thực tế hiện trường. Trách nhiệm này thuộc về lãnh đạo và chuyên viên liên quan Vụ Bảo tồn thiên nhiên.
Từ những tồn tại trên, Tổng cục Lâm nghiệp đề nghị kiểm điểm trách nhiệm của các cá nhân và tập thể có liên quan thuộc quyền quản lý của VQG Ba Vì. Đồng thời rà soát, điều chỉnh các hợp đồng liên kết kinh doanh dịch vụ du lịch sinh thái theo hướng cho thuê môi trường rừng. Thời gian thuê môi trường rừng tối đa là 30 năm. Sau đó, toàn bộ tài sản, công trình xây dựng thuộc sở hữu của VQG Ba Vì.
Kết luận cũng nêu rõ tiếp tục đình chỉ hoạt động tôn tạo, xây dựng, kinh doanh du lịch sinh thái tại cốt 600, cốt 700, cốt 800 của Công ty CFTD đến khi Đề án thuê môi trường rừng và Dự án Đầu tư xây dựng khu du lịch sinh thái trong khu vực hành chính, dịch vụ I - VQG Ba Vì được phê duyệt. Tổng cục Lâm nghiệp đề nghị Vụ Bảo tồn thiên nhiên, Vụ Kế hoạch, Tài chính tổ chức kiểm điểm trách nhiệm, đề xuất biện pháp xử lý đối với cán bộ để xảy ra thiếu sót.
Công ty CFTD phải nghiêm túc chấp hành dừng việc tôn tạo, xây dựng các công trình và kinh doanh, quảng bá hoạt động du lịch sinh thái tại cốt 600 đến khi thực hiện đầy đủ thủ tục thuê môi trường rừng và đầu tư dự án theo đúng quy định của pháp luật.
