Quá trình điều tra làm rõ, tháng 7/2007, Nguyễn Thị Vân Hương được Văn phòng AP ký hợp đồng tuyển dụng và được giao nhiệm vụ làm các công việc hành chính, viết phiếu trả lương, tính công tác phí cho nhân viên của văn phòng và làm thủ quỹ, kế toán giao dịch thanh toán các khoản tiền với ngân hàng.
Lợi dụng nhiệm vụ được giao, Hương đã có hành vi gian dối để chiếm đoạt tiền. Mỗi lần lập phiếu đề nghị thanh toán, Hương ghi đúng số tiền được chi rồi trình trưởng văn phòng ký duyệt, đồng thời viết séc đúng với số tiền được duyệt trình trưởng văn phòng ký séc để rút tiền tại ngân hàng. Tuy nhiên, sau khi trình ký xong, Hương tẩy xóa số tiền ghi trên séc rồi viết vào số tiền lớn hơn, giữ nguyên chữ ký của chủ tài khoản và đóng dấu Văn phòng AP để đến ngân hàng rút tiền. Cơ quan công an xác định bằng thủ đoạn này, từ tháng 1/2008 đến tháng 6/2008, Hương đã lập 17 séc để rút trên 6,7 tỉ đồng trong tài khoản của Văn phòng AP tại ngân hàng, trong khi thực chất số tiền được duyệt cho là 83,8 triệu đồng. Sau đó, Hương trả vào tài khoản của Văn phòng AP trên 1,5 tỉ đồng. Như vậy, số tiền Hương còn chiếm đoạt là trên 5,1 tỉ đồng. Phát hiện ra việc thất thoát tiền từ tài khoản, Văn phòng AP đã làm đơn gửi Cơ quan điều tra. Biết sự việc bại lộ, Nguyễn Thị Vân Hương bỏ trốn. Cơ quan Công an Hà Nội cũng đề nghị những ai là bị hại của Nguyễn Thị Vân Hương, tới Phòng PC46 - Công an Hà Nội, địa chỉ 40B Hàng Bài để được giải quyết.