Kết luận thanh tra nêu rõ, trong quá trình xây dựng, Bộ Giao thông vận tải thực hiện không đầy đủ quy trình xây dựng và công bố danh mục DA kêu gọi đầu tư theo quy định. Trong các dự án BOT và BT, Bộ không lựa chọn được nhà đầu tư nào theo hình thức đấu thầu, 100% đều là chỉ định thầu với lý do chỉ có một nhà đầu tư tham gia hoặc do tính cấp bách của DA. Tuy nhiên, Bộ này không có quy trình, thủ tục đánh giá hay xác định thế nào là cấp bách. Một số nhà đầu tư được lựa chọn có năng lực hạn chế, không đáp ứng yêu cầu của DA. Thanh tra Chính phủ còn phát hiện kết quả kiểm tra tổng mức đầu tư có nhiều sai lệch nên vốn đầu tư xác định cho hợp đồng DA không chính xác. Qua 7 DA trên, các nhà đầu tư phê duyệt sai tăng về đơn giá định mức, chế độ tiền lương, phụ cấp hoặc các yếu tố phát sinh không đúng thực tế với số tiền 316 tỷ đồng.
Theo kết luận thanh tra, hầu hết DA BT và BOT thực hiện tại các khu vực giao thông trọng yếu, có mật độ tham gia giao thông lớn, đặt các trạm thu phí có khoảng cách gần nhau, giá phí cao, tăng nhanh khiến người tham gia giao thông không còn sự lựa chọn nào khác, điển hình là tại Hà Nội, Thái Bình, Hòa Bình...Thực trạng trên dẫn đến việc người dân né trạm thu phí, đi vào đường ngang, ngõ tắt gây hư hại hệ thống giao thông địa phương, nguy cơ mất ATGT. Hơn nữa, việc xác định phương án, doanh thu tài chính thiếu chính xác đã gây ra gánh nặng cho người dân và doanh nghiệp. Mặt khác, Bộ này khi phê duyệt DA đã ghép việc cải tạo với đầu tư xây dựng đường mới thành một DA rồi đặt hai trạm thu phí tại hai nơi không hợp lý.
Cụ thể, tại tuyến đường Thái Nguyên - Chợ Mới (Bắc Kạn) dài 28km nhưng quyết định đầu tư BOT Thái Nguyên - Chợ Mới đã phê duyệt lên tới 40,7 km, trong đó bao gồm cả việc nâng cấp cải tạo từ Km93 đến Km100 thuộc QL 3 cũ. Theo quy định, việc cải tạo đường cũ phải thực hiện bằng nguồn Quỹ bảo trì đường bộ. Như vậy, Bộ Giao thông phê duyệt ghép vào là không đúng.
Với DA nâng cấp đường Pháp Vân - Cầu Giẽ giai đoạn 1, Thanh tra Chính phủ cho hay, giai đoạn này DA chỉ sửa chữa, cải tạo, nhưng giá phí thu tương đương với giá thu đường cao tốc xây dựng mới Cầu Giẽ - Ninh Bình (1.500 đồng/km). Điều này là không hợp lý, cần làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân. Việc phê duyệt và triển khai DA đã không lường hết những bất cập về hệ thống thu phí, dẫn đến bất hợp lý khi kết nối với tuyến đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình, bất tiện cho người tham gia giao thông và ùn tắc nghiêm trọng tại các thời điểm mật độ giao thông cao. Do vậy, đến nay, DA buộc phải khắc phục thay thế bằng phương án thu phí tự động và bỏ trạm thu phí Đại Xuyên.
Như vậy, Bộ Giao thông vận tải phải chịu trách nhiệm về việc quyết định đầu tư DA, phương án thu phí bất hợp lý, phê duyệt tổng mức đầu tư sai lệch.... Bộ Tài chính chịu trách nhiệm liên quan đến việc thu phí chưa hợp lý, thỏa thuận việc đặt trạm thu phí chưa đảm bảo nguyên tắc. Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng yêu cầu hai bộ này phải kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan
