Nhiều lần mua chuộc nhà báo Giữ vai trò lớn nhất trong vụ án, bị cáo Phạm Đình Hòa (SN 1973) - nguyên Trưởng phòng Kế hoạch thị trường của Vinawaco và Hồ Thành Nghĩa (SN 1979) - nguyên Giám đốc Ban điều hành Dự án nạo vét phía Bắc của Vinawaco đều bị truy tố về tội “Nhận hối lộ”. Hai bị cáo Trịnh Văn Thắng (SN 1982) - nguyên Giám đốc Công ty CP Xây dựng và cơ khí Tân Việt (Công ty Tân Việt) và Vũ Thanh Huyền (SN 1967) - nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty Tân Việt cùng bị truy tố về các tội “Đưa hối lộ” và “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. 4 bị cáo còn lại gồm: Nguyễn Tiến Cường (SN 1983), Nguyễn Đăng Hiếu (SN 1985), Nguyễn Hoài Nam (SN 1982) và Lê Quang Hiệp (SN 1983) đều từng là cán bộ của Ban QLDA Hàng hải II của Vinawaco cùng bị xem xét về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo cáo trạng, tối ngày 6/5/2014, tại một khách sạn ở Hà Nội, Cơ quan điều tra - Bộ Công an bắt quả tang Huyền và Thắng đưa hối lộ cho ông Nguyễn Hoài Nam (phóng viên Báo Thanh Niên) số tiền 20 triệu đồng. Quá trình điều tra, Thắng khai nhận, sở dĩ phải hối lộ là do ông Nam đã phát hiện ra tiêu cực ở Dự án Nạo vét luồng hàng hải Hòn Gai - Cái Lân. Theo đó, quá trình Công ty Tân Việt thi công dự án này, ông Nam đã quay được clip về vi phạm của một số phương tiện trong việc đổ thải. Sau đó, phóng viên này đã cung cấp thông tin cho lãnh đạo Vinawaco để chủ đầu tư xử lý nhà thầu thi công. Tiếp nhận thông tin, lãnh đạo Vinawaco đã giao cho Nghĩa kiểm tra. Đến ngày 20/12/2013, Thắng, Huyền và Nghĩa đã lên Hà Nội gặp ông Nam để “thương lượng”.Khi được xem lại clip đổ chất thải, Huyền xin ông Nam bỏ qua nhưng không nhận được “cái gật đầu”. Không bỏ cuộc, ngày 4/1/2014, Huyền tiếp tục hẹn gặp ông Nam ở TP Hồ Chí Minh để xin bỏ qua vi phạm và biếu quà phóng viên nhưng vẫn bị từ chối. Sau lần gặp đó, Huyền còn nhiều lần liên lạc với ông Nam qua điện thoại với mong muốn bỏ qua vi phạm. Ngoài ra, cận Tết Nguyên đán năm 2014, Thắng và Huyền còn vào tận TP Hồ Chí Minh xin gặp và “mừng tuổi” ông Nam một túi quà (bên trong có 1.000USD và 1 chai rượu). Tuy nhiên, mọi hành vi mua chuộc của Huyền cùng đồng phạm đều được ông Nam báo cáo với cơ quan chức năng. Vì vậy, ngày 6/5/2014, Thắng cùng đồng phạm bị bắt quả tang khi tiếp tục hối lộ thêm ông Nam hàng chục triệu đồng.“Bôi trơn” để được nhận dự ánMở rộng vụ án, Cơ quan điều tra - Bộ Công an còn làm rõ, để được thực hiện hợp đồng thi công Dự án nạo vét luồng hàng hải Hòn Gai - Cái Lân vào năm 2013, Huyền và Thắng còn phải “bôi trơn” cho Nghĩa với Hòa 50% giá trị hợp đồng. Theo đó, 2 bị cáo này bước đầu đã nhận 1,2 tỷ đồng từ nhà thầu thi công. Bên cạnh đó, quá trình thi công dự án này, Huyền và Thắng còn tổ chức thi công không đúng với hợp đồng đã ký trong việc thanh toán khống vị trí đổ thải và cự ly vận chuyển. Bằng “thủ đoạn” này, Huyền và Thắng đã chiếm đoạt được hơn 7,8 tỷ đồng từ chủ đầu tư.Ngoài ra, tài liệu truy tố cũng thể hiện, 4 bị cáo Cường, Nam, Hiệp và Hiếu vốn là cán bộ giám sát thi công đã không làm đúng quy trình giám sát, không hoàn thành nhiệm vụ được phân công nên không phát hiện và xử lý việc đổ thải của Công ty Tân Việt. Vì vậy, các bị cáo này đã xác nhận cho nhà thầu thi công đổ thải đúng vị trí thiết kế. Hành vi này của các bị cáo đã gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 7,8 tỷ đồng.Với những hành vi nêu trên, HĐXX đã tuyên phạt Hòa 13 năm tù, Nghĩa 8 năm 6 tháng tù. Hai bị cáo Thắng, Huyền bị tuyên phạt lần lượt 24 và 22 năm tù cho hai tội danh. 4 bị cáo còn lại lần lượt bị tuyên phạt từ 20 - 24 tháng tù giam.