Cụ thể, Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội Nguyễn Thế Hùng giao Sở Quy hoạch Kiến trúc chủ trì, phối hợp với Sở Văn hóa và Thể thao, UBND huyện Quốc Oai, Viện Quy hoạch xây dựng Hà Nội và đơn vị liên quan nghiên cứu, triển khai thực hiện nội dung chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam về chủ trương lập quy hoạch tổng thể di tích quốc gia đặc biệt Chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách, huyện Quốc Oai, căn cứ các quy định của pháp luật hiện hành, đề xuất giao đơn vị tổ chức lập quy hoạch, báo cáo UBND TP trước ngày 28/2/2017.
Trước đó, tại văn bản số 817/VPCP-KGVX, Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam đồng ý chủ trương giao UBND TP Hà Nội chủ trì lập quy hoạch tổng thể di tích quốc gia đặc biệt Chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách, huyện Quốc Oai, TP Hà Nội.
Đồng thời, giao Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tổ chức thẩm định nhiệm vụ quy hoạch và đồ án quy hoạch tổng thể di tích quốc gia đặc biệt Chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách, huyện Quốc Oai, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.