Các vấn đề còn ý kiến khác nhau của Dự Luật gồm, về phạm vi điều chỉnh của Luật; chính sách của Nhà nước trong hoạt động kiến trúc và chiến lược kiến trúc Việt Nam; quy định bản sắc văn hóa dân tộc Việt Nam trong kiến trúc và bảo tồn, khai thác công trình kiến trúc có giá trị nhưng chưa được xếp hạng là di tích lịch sử - văn hóa; quy chế quản lý kiến trúc; Hội đồng Kiến trúc quốc gia và chứng chỉ hành nghề kiến trúc.
Chủ nhiệm Ủy ban Khoa học, Công nghệ & Môi trường của Quốc hội Phan Xuân Dũng cho biết: Bổ sung quy định có liên quan đến bảo tồn, phát huy giá trị kiến trúc truyền thống các dân tộc Việt Nam là một trong những nội dung còn ý kiến khác nhau. Theo quan điểm của Ủy ban, việc bổ sung quy định về bảo tồn, phát huy giá trị bản sắc văn hóa dân tộc Việt Nam trong kiến trúc là cần thiết. Tuy nhiên, luật không thể mô tả cụ thể nội dung bản sắc văn hóa dân tộc Việt Nam trong kiến trúc cũng như bản sắc văn hóa trong kiến trúc của từng dân tộc, bởi vì đây là những yếu tố hết sức đa dạng và phong phú.
Theo đó, ban soạn thảo chỉ bổ sung một điều khái quát về bản sắc văn hoá dân tộc trong kiến trúc, bao gồm các đặc điểm, tính chất tiêu biểu và đặc trưng tạo nên một phong cách riêng của kiến trúc Việt Nam về điều kiện tự nhiên, kinh tế - xã hội, văn hóa nghệ thuật; phong tục tập quán sinh hoạt của địa phương; phương pháp kỹ thuật xây dựng và sử dụng vật liệu xây dựng. Đồng thời, quy định các địa phương có trách nhiệm cụ thể hóa các giá trị bản sắc văn hóa dân tộc trong Quy chế quản lý kiến trúc để bảo đảm khả thi, phù hợp với từng vùng, miền, địa phương do mình quản lý. Bổ sung quy định về bảo tồn, phát huy giá trị bản sắc văn hóa dân tộc vào các nội dung có liên quan trong Dự Luật như nguyên tắc hoạt động kiến trúc, yêu cầu quản lý kiến trúc… Đồng thời, để bảo tồn, phát huy giá trị kiến trúc của loại công trình này, Dự Luật đã bổ sung quy định về yêu cầu quản lý đối với công trình kiến trức có giá trị tại Điều 13, bảo đảm không chồng chéo với quy định của pháp luật về di sản văn hóa và quy định khác của pháp luật có liên quan.
Bày tỏ quan điểm, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp của Quốc hội Lê Thị Nga cho rằng, Dự Luật nên làm sâu sắc hơn quy định về trách nhiệm của các chủ thể liên quan, đặc biệt ràng buộc trách nhiệm của chủ đầu tư trong việc phát huy bản sắc dân tộc trong kiến trúc, về phòng cháy chữa cháy, hỗ trợ người khuyết tật.
Về Hội đồng kiến trúc quốc gia, Chủ nhiệm Phan Xuân Dũng cho biết, đa số ý kiến đại biểu Quốc hội cho rằng việc lập cơ quan này là cần thiết, với tư cách là cơ quan tư vấn cho Thủ tướng Chính phủ. Tuy nhiên xung quanh vấn đề này vẫn còn 2 loại ý kiến. Loại ý kiến thứ nhất tán thành quy định về cơ quan này trong luật. Lý do là, dù chỉ là cơ quan tư vấn theo vụ việc cho Thủ tướng nhưng Hội đồng tư vấn lại có vai trò rất quan trọng trong việc tư vấn về lĩnh vực kiến trúc và kiến trúc của một số công trình quan trọng. Dự thảo Luật đã quy định Hội đồng này chỉ được thành lập khi cần thiết, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ là phù hợp, bảo đảm tính linh hoạt, không làm phát sinh thêm bộ máy, gây tốn kém, lãng phí. Theo kinh nghiệm ở một số quốc gia thì mô hình Kiến trúc sư trưởng đang dần được thay thế bằng mô hình Hội đồng hoặc Ủy ban. Do đó, nên luật hóa về Hội đồng Kiến trúc quốc gia. Tương tự, cần có quy định về Hội đồng kiến trúc cấp tỉnh tại địa phương.
Loại ý kiến thứ hai cho rằng không cần thiết đưa quy định này vào luật vì việc thành lập các tổ chức tư vấn thuộc thẩm quyền, trách nhiệm của Thủ tướng Chính phủ, do đó việc tồn tại Hội đồng này có thể làm phát sinh thêm thủ tục hành chính; mặt khác, việc không thành lập Hội đồng sẽ giúp tăng cường vai trò, trách nhiệm tham mưu của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành có liên quan đến lĩnh vực kiến trúc.
“Cơ quan thẩm tra nhất trí với loại ý kiến thứ nhất và đưa quy định này vào Điều 16 Dự thảo Luật”- Chủ nhiệm Phan Xuân Dũng cho biết.
Tại phiên họp, một số ý kiến trong Ủy ban Thường vụ Quốc hội cũng băn khoăn, nếu Hội đồng kiến trúc nếu chỉ được thành lập khi cần sẽ khó đảm bảo hoạt động độc lập, hiệu quả.
Ngược lại, thể hiện quan điểm đồng tình với quy định này, Phó Chủ tịch Quốc hội Tòng Thị Phóng cho rằng, cách thể hiện tại Điều 16 cũng khá mềm mại, để nhà nước linh hoạt lập hội đồng khi có những công trình quan trọng, cần thiết phải nghe tư vấn. Đồng thời, cũng đưa ra dẫn chứng, chính Nhà Quốc hội hiện nay, trong quá trình thiết kế, xây dựng cũng có một hội đồng tư vấn cấp quốc gia để cùng góp ý, tham gia phản biện, bảo vệ các quan điểm thiết kế về việc mang hồn Việt vào trong một công trình rất hiện đại.
Sau thảo luận, các thành viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, Dự Luật đủ điều kiện trình lên Quốc hội xem xét. Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân lưu ý, khi ban hành luật rồi làm sao để tăng cường quản lý, tổ chức thực hiện một cách hiệu quả.