Tranh tụng tại phiên tòa, luật sư Trần Hồng Phúc (bào chữa cho bác sĩ Hoàng Công Lương) chỉ rõ, Bộ Y tế đã tự ý biên tập câu hỏi của cơ quan điều tra, gây ra hiểu lầm tai hại.
Theo luật sư Trần Hồng Phúc, trong quá trình điều tra, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Hòa Bình đã gửi 6 câu hỏi đến Bộ Y tế. Nội dung câu hỏi thứ 4: "Sau khi sửa chữa hệ thống nước RO số 2, có cần thiết phải xét nghiệm kiểm tra sinh hóa tiêu chuẩn nước trước khi đưa hệ thống lọc nước vào sử dụng hay không, căn cứ vào văn bản nào và hướng dẫn cụ thể nào?". Tuy nhiên, trong công văn phúc đáp 4342, Bộ Y tế tự thêm tiêu chuẩn AAMI vào câu hỏi, dễ gây hiểu lầm xét nghiệm AAMI là bắt buộc, trong khi Bộ Y tế cũng chưa trả lời được AAMI có cần thiết hay không. “Việc chỉnh sửa có thể do lỗi đánh máy, nhầm lẫn nhưng gây ra hiểu lầm tai hại. Trong bản luận tội của VKS đã xác định cần phải chờ kết quả xét nghiệm AMMI, nếu không chờ kết quả này sẽ phát sinh thêm trách nhiệm của các bị cáo” – luật sư Phúc cho biết.Bổ sung phần bào chữa, luật sư Nguyễn Văn Đạt (bào chữa cho bác sĩ Lương) cho rằng, việc điều dưỡng thông báo hệ thống lọc nước đã sửa xong, điều này được hiểu là hệ thống an toàn, đối với kiểm tra nguồn nước thuộc trách nhiệm của kỹ sư chuyên ngành hệ thống lọc nước RO số 2, không liên quan đến bác sĩ Lương.Để không bỏ lọt tội phạm, luật sư Đạt yêu cầu làm rõ giao kết hợp đồng giữa ông Đỗ Anh Tuấn - Giám đốc Công ty Thiên Sơn và ông Trần Quý Dương - cựu Giám đốc Bệnh viện đa khoa tỉnh Hòa Bình. Trong đó, xem xét trách nhiệm giám sát của ông Đỗ Anh Tuấn và ông Trương Quý Dương. Đặc biệt, có hay không việc ông Trương Quý Dương có hành vi thông đồng, chọn nhà thầu không đúng chuyên môn.Đồng quan điểm, luật sư Hoàng Ngọc Biên (bào chữa cho bác sĩ Lương) cho rằng, bác sĩ Lương làm nhiệm vụ điều trị bệnh nhân, ngoài chức năng này ra không có chức năng nào khác. Cáo trạng gắn cho bác sĩ Lương quản lý đơn nguyên chạy thận nhân tạo để buộc tội bác sĩ Lương là thiếu căn cứ pháp lý.
