Đồng thời, Viện KSND Tối cao cũng phân công VKSND TP Hà Nội thực hành quyền công tố khi Tòa án xét xử sơ thẩm vụ án.
Theo cáo trạng xác định: Công ty Intimex Hà Nội là DN Nhà nước, có trụ sở tại đường Phan Trọng Tuệ, thị trấn Văn Điển, huyện Thanh Trì, Hà Nội; do Nguyễn Thăng Long là Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc. Một trong những đối tác làm ăn của Công ty Intimex Hà Nội là Công ty TNHH Vĩnh Hiệp (Công ty Vĩnh Hiệp - có địa chỉ tại phường Thắng Lợi, TP Pleiku, tỉnh Gia Lai). Công ty Vĩnh Hiệp thường bán cà phê cho Công ty Intimex Hà Nội.
Vào đầu năm 2008, Nguyễn Thăng Long được bà Trần Thị Lan Anh, Phó Giám đốc Công ty Vĩnh Hiệp cho biết thị trường bất động sản tại Gia Lai đang sôi động, nếu mua được lô đất nào bán ngay cũng kiếm được lời. Nghe vậy, Nguyễn Thăng Long đề nghị cho tham gia và nói đang có khoảng 60 đến 100 tỷ đồng “nhàn rỗi”.
Từ 17/1/2008 đến ngày 28/1/2008, Nguyễn Thăng Long đã chỉ đạo nhân viên của Công ty Intimex Hà Nội chuyển hơn 15 tỷ đồng vào tài khoản của Công ty Vĩnh Hiệp, ghi là thực hiện hợp đồng mua cà phê, nhưng thực chất đây là tiền Nguyễn Thăng Long góp vốn với bà Lan Anh và 1 đối tác tên là Hoa để kinh doanh bất động sản.
Nhận được số tiền Nguyễn Thăng Long chuyển, bà Hoa đã mua 8 lô đất tại TP Hồ Chí Minh, Đồng Nai và Bình Phước trị giá hơn 30 tỷ đồng (số tiền chênh thêm là vốn góp của bà Lan Anh và bà Hoa). Nhằm rút và hợp thức hóa việc giao dịch số tiền trên, Nguyễn Thăng Long đã chỉ đạo nhân viên dưới quyền làm giả 3 phương án kinh doanh và 3 hợp đồng mua cà phê với Công ty Vĩnh Hiệp; làm giả 3 hợp đồng bán cà phê cho 2 DN của Thụy Sĩ.
Khi vụ việc bị vỡ lở, trước khi khởi tố vụ án hình sự, Công ty Vĩnh Hiệp đã chuyển vào tài khoản của Công ty Intimex Hà Nội hơn 15 tỷ đồng. Tuy nhiên, khoản tiền lãi phát sinh lúc này đã lên tới hơn 8 tỷ đồng.
Quá trình điều tra và truy tố, Nguyễn Thăng Long không thừa nhận việc góp vốn với bà Lan Anh và bà Hoa để kinh doanh bất động sản. Nhưng với các tài liệu chứng cứ thu thập được, cơ quan tố tụng có đủ cơ sở để xác định, bị can Long đã lợi dụng chức vụ quyền hạn chuyển hơn 15 tỷ đồng của Công ty Intimex Hà Nội để góp vốn kinh doanh bất động sản, gây thiệt hại cho Công ty Intimex Hà Nội hơn 8 tỷ đồng tiền lãi vay ngân hàng.
