Để hoàn thiện Đề án đáp ứng yêu cầu về chất lượng và tiến độ trình Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà yêu cầu:
Bộ Giao thông vận tải nghiên cứu tiếp thu, giải trình đầy đủ, kỹ lưỡng ý kiến của các đại biểu (các ý kiến góp ý, phản biện của các chuyên gia, nhà khoa học, bao gồm ý kiến của GS.TSKH Lã Ngọc Khuê), trong đó đánh giá toàn diện các yếu tố: công nghệ, kỹ thuật, an toàn, tổ chức vận tải khai thác, năng lực vận tải (hàng hóa và hành khách) của đường sắt trên trục Bắc Nam (gồm đường sắt tốc độ cao và đường sắt khổ 1.000mm hiện hữu), tính khả thi, phương án huy động vốn, hiệu quả tài chính, hiệu quả kinh tế… để lựa chọn kịch bản tối ưu.
Phương án triển khai phải bảo đảm đồng bộ, thống nhất về tiêu chuẩn thiết kế, hạ tầng, tín hiệu, thiết bị, toa xe, đầu máy…; Đối với các ga tại TP Hà Nội và TP Hồ Chí Minh cần bố trí ở trung tâm, kết hợp đi ngầm, trên cao… bảo đảm thuận tiện cho hành khách;
Về tốc độ thiết kế: tiếp tục làm rõ hơn dựa trên phân tích, nghiên cứu kinh nghiệm đầu tư, vận hành, khai thác hành khách kết hợp hàng hóa của các nước trên thế giới như Bộ Giao thông vận tải báo cáo (làm rõ tiêu chuẩn, tổ chức khai thác vận tải, cách làm của từng nước); phân tích, chứng minh về hiệu quả kinh tế, tài chính đối với trường hợp chỉ vận tải hành khách, hoặc vận tải hành khách kết hợp vận tài hàng hóa.
Về chuyển giao công nghệ: nghiên cứu đề xuất lập Đề án riêng để phân tích, chọn đối tác chuyển giao công nghệ; lựa chọn tổ chức tiếp nhận công nghệ để làm chủ công nghệ (thành lập mới 1 tập đoàn nhà nước, giao doanh nghiệp nhà nước hoặc doanh nghiệp tư nhân, đơn vị quân đội…).
Về phân kỳ đầu tư, Phó Thủ tướng yêu cầu nghiên cứu phương án phân kỳ đầu tư phù hợp, có thể kiến nghị đầu tư đồng thời, một lần để giảm thời gian, chi phí,…
Bộ Kế hoạch và Đầu tư (Cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định nhà nước) nghiên cứu, phản biện độc lập để lựa phương án tối ưu.