Theo phân công, phân cấp của UBND TP Hà Nội, Sở Y tế là cơ quan đầu mối thường trực Ban Chỉ đạo công tác an toàn thực phẩm TP; có trách nhiệm tham mưu, giúp Ban Chỉ đạo hoạch định những vấn đề có tính chiến lược, các kế hoạch, văn bản chỉ đạo để thực hiện hiệu quả công tác quản lý an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực quản lý.
Sở NN&PTNT có trách nhiệm quản lý an toàn thực phẩm đối với quá trình sản xuất ban đầu, thu gom, giết mổ, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, kinh doanh nông lâm sản và thủy sản. Quản lý an toàn thực phẩm ở các chợ đầu mối, chợ đấu giá nông sản. Quản lý, cấp, thu hồi giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm.
Nhiệm vụ tiếp nhận bản tự công bố sản phẩm cũng thuộc thẩm quyền của Sở NN&PTNT. Cùng với đó, Sở này cũng có chức năng thẩm định, xếp loại cơ sở sản xuất, kinh doanh; thanh kiểm tra, hậu kiểm, giám sát kiểm nghiệm thực phẩm; truy xuất nguồn gốc và xử lý vi phạm an toàn thực phẩm…
UBND TP Hà Nội cũng ban hành danh mục các sản phẩm, nhóm nông sản, thực phẩm, hàng hóa thuộc thẩm quyền quản lý của Sở NN&PTNT.
Cụ thể là: Ngũ cốc, thịt và các sản phẩm từ thịt, thủy sản và sản phẩm thuỷ sản (bao gồm các loài lưỡng cư), rau củ quả và sản phẩm rau củ quả, trứng và các sản phẩm từ trứng, sữa tươi nguyên liệu, mật ong và các sản phẩm từ mật ong, muối, gia vị, đường, chè, cà phê, ca cao, hạt tiêu, điều, thực phẩm biến đổi gen và một số loại nông lâm thủy sản khác.
Ngoài Sở Y tế và Sở NN&PTNT, UBND TP Hà Nội cũng quy định rõ chức năng, trách nhiệm của các Sở Công Thương, Chi cục Quản lý thị trường, UBND cấp huyện và các sở ban ngành khác trong lĩnh vực quản lý an toàn thực phẩm. Đồng thời đề nghị các cơ quan truyền thông của Hà Nội thường xuyên thông tin về tình hình an toàn thực phẩm trên địa bàn TP, gắn với tuyên truyền, phổ biến kiến thức về an toàn thực phẩm cho người dân…
